A rapid, cost-effective tailed amplicon method for sequencing SARS-CoV-2.
A rapid, cost-effective tailed amplicon method for sequencing SARS-CoV-2.
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DOI：
10.1186/s12864-020-07283-6
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发表时间：
2020-12-04
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Beckman KB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gohl DM;Garbe J;Grady P;Daniel J;Watson RHB;Auch B;Nelson A;Yohe S;Beckman KB
全球 COVID-19 大流行导致迫切需要可扩展的临床诊断和病毒追踪方法。下一代测序技术已经实现了对 SARS-CoV-2 的大规模基因组监测，世界各地正在对数千个分离株进行测序并存放在公共数据库中。目前，许多使用短读长和长读长技术的方法正应用于 SARS-CoV-2 测序，包括扩增子方法、宏基因组方法以及序列捕获或富集方法。鉴于基因组规模较小，大规模测序 SARS-CoV-2 的能力受到构建测序文库相关的成本和劳动力的限制。在这里，我们描述了一种低成本、简化的、全基于扩增子的 SARS-CoV-2 测序方法，该方法绕过了昂贵且耗时的文库制备步骤。我们针对 ARTIC 扩增子协议和序列捕获方法对这种尾部扩增子方法进行了基准测试，并表明优化的尾部扩增子方法实现了与 ARTIC v3 方法相当的扩增子平衡、覆盖率指标和变体调用。我们描述的带尾扩增子方法代表了一种经济有效且高度可扩展的 SARS-CoV-2 测序方法。
The global COVID-19 pandemic has led to an urgent need for scalable methods for clinical diagnostics and viral tracking. Next generation sequencing technologies have enabled large-scale genomic surveillance of SARS-CoV-2 as thousands of isolates are being sequenced around the world and deposited in public data repositories. A number of methods using both short- and long-read technologies are currently being applied for SARS-CoV-2 sequencing, including amplicon approaches, metagenomic methods, and sequence capture or enrichment methods. Given the small genome size, the ability to sequence SARS-CoV-2 at scale is limited by the cost and labor associated with making sequencing libraries. Here we describe a low-cost, streamlined, all amplicon-based method for sequencing SARS-CoV-2, which bypasses costly and time-consuming library preparation steps. We benchmark this tailed amplicon method against both the ARTIC amplicon protocol and sequence capture approaches and show that an optimized tailed amplicon approach achieves comparable amplicon balance, coverage metrics, and variant calls to the ARTIC v3 approach. The tailed amplicon method we describe represents a cost-effective and highly scalable method for SARS-CoV-2 sequencing.
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影响因子：
46.9
作者：
Metsky, Hayden C.;Siddle, Katherine J.;Matranga, Christian B.
通讯作者：
Matranga, Christian B.
影响因子：
9.2
作者：
Zhang, Tao;Wu, Qunfu;Zhang, Zhigang
通讯作者：
Zhang, Zhigang
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt593
发表时间：
2014-03-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Zhang J;Kobert K;Flouri T;Stamatakis A
通讯作者：
Stamatakis A
影响因子：
12.3
作者：
Gohl, Daryl M.;Magli, Alessandro;Beckman, Kenneth B.
通讯作者：
Beckman, Kenneth B.
影响因子：
11.8
作者：
Harcourt, Jennifer;Tamin, Azaibi;Thornburg, Natalie J.
通讯作者：
Thornburg, Natalie J.