EMPIAR: the Electron Microscopy Public Image Archive.
EMPIAR: the Electron Microscopy Public Image Archive.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkac1062
复制
发表时间：
2023-01-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Patwardhan, Ardan
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Iudin, Andrii;Korir, Paul K.;Somasundharam, Sriram;Weyand, Simone;Cattavitello, Cesare;Fonseca, Neli;Salih, Osman;Kleywegt, Gerard J.;Patwardhan, Ardan
结构生物学的公共存档已经建立，其中蛋白质数据库（PDB; wwPDB.org）用于原子模型，电子显微镜数据库（EMDB; emdb-empiar.org）用于冷冻EM实验的3D重建。即使在最近的快速增长，冷冻EM，有一个明确的社区需要一个公共档案的图像数据从冷冻EM实验验证，软件开发，测试和培训。与此同时，使用体积EM（vEM）和X射线断层扫描（XT）的细胞，组织和生物体的3D成像技术的激增导致这些社区也要求公开存档这些数据。EMPIAR（empiar.org）是作为原始冷冻EM图像数据以及vEM和XT实验的3D重建的公共档案而开发的，现在包含超过1000个条目，总计超过2 PB的数据。EMPIAR资源包括一个沉积系统、条目页面、搜索、可视化和下载数据集的工具，以及一个用于编程访问条目元数据的REST API。EMPIAR的成功也为今后处理数据量的快速增长和提高其可重复使用性提出了重大挑战。
Public archiving in structural biology is well established with the Protein Data Bank (PDB; wwPDB.org) catering for atomic models and the Electron Microscopy Data Bank (EMDB; emdb-empiar.org) for 3D reconstructions from cryo-EM experiments. Even before the recent rapid growth in cryo-EM, there was an expressed community need for a public archive of image data from cryo-EM experiments for validation, software development, testing and training. Concomitantly, the proliferation of 3D imaging techniques for cells, tissues and organisms using volume EM (vEM) and X-ray tomography (XT) led to calls from these communities to publicly archive such data as well. EMPIAR (empiar.org) was developed as a public archive for raw cryo-EM image data and for 3D reconstructions from vEM and XT experiments and now comprises over a thousand entries totalling over 2 petabytes of data. EMPIAR resources include a deposition system, entry pages, facilities to search, visualize and download datasets, and a REST API for programmatic access to entry metadata. The success of EMPIAR also poses significant challenges for the future in dealing with the very fast growth in the volume of data and in enhancing its reusability.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
wwPDB consortium
通讯作者：
wwPDB consortium
DOI：
10.1042/bcj20210708
发表时间：
2021-12-22
期刊：
The Biochemical journal
影响因子：
--
作者：
Kimanius D;Dong L;Sharov G;Nakane T;Scheres SHW
通讯作者：
Scheres SHW
影响因子：
48
作者：
Ellenberg J;Swedlow JR;Barlow M;Cook CE;Sarkans U;Patwardhan A;Brazma A;Birney E
通讯作者：
Birney E
影响因子：
3
作者：
de la Rosa-Trevin, J. M.;Quintana, A.;Carazo, J. M.
通讯作者：
Carazo, J. M.
影响因子：
13.8
作者：
Robertson MJ;Meyerowitz JG;Skiniotis G
通讯作者：
Skiniotis G