Detection of SARS-CoV-2 variants by genomic analysis of wastewater samples in Israel.
Detection of SARS-CoV-2 variants by genomic analysis of wastewater samples in Israel.
复制标题
DOI：
10.1016/j.scitotenv.2021.148002
复制
发表时间：
2021-10-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zuckerman NS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bar-Or I;Weil M;Indenbaum V;Bucris E;Bar-Ilan D;Elul M;Levi N;Aguvaev I;Cohen Z;Shirazi R;Erster O;Sela-Brown A;Sofer D;Mor O;Mendelson E;Zuckerman NS
事实证明，对 SARS-CoV-2 传播的调查和下水道中变体的识别可以准确检测病毒株的流行情况，有利于人口流域规模的临床采样。在此，我们利用已建立的全国性废水采样和病毒浓缩方法系统，在以色列九个不同地点对 SARS-CoV-2 变种进行了大规模监测，这些变种于 2020 年 8 月至 2021 年 2 月期间采样并进行了测序（n = 58）。从废水样本中获得的病毒序列具有较高的基因组覆盖率，突变分析成功识别出B.1.1.7变种于2020年12月渗透到以色列中部和北部地区，并于2021年1月和2021年2月传播到其他地区，与临床采样结果相符。此外，废水分析于 2020 年 12 月在临床采样不足的地区发现了 B.1.1.7 变体。检查的其他受关注变体，包括 P.1（巴西/马瑙斯）、B.1.429（美国/加利福尼亚）、B.1.526（美国/纽约）、A.23.1（乌干达）和 B.1.525（来源不明），并未显示出持续升高的频率。这项研究证明污水监测是一种强有力的方法，可以监测社区中传播的 SARS-CoV-2 毒株的多样性。最重要的是，这种方法可以预先识别流行病学或临床相关突变/变异的出现，有助于公共卫生决策。
Investigation of SARS-CoV-2 spread and identification of variants in sewers has been demonstrated to accurately detect prevalence of viral strains and is advantageous to clinical sampling in population catchment size. Herein, we utilized an established nationwide system of wastewater sampling and viral concentration approaches to perform large-scale surveillance of SARS-CoV-2 variants in nine different locations across Israel that were sampled from August 2020 to February 2021 and sequenced (n = 58). Viral sequences obtained from the wastewater samples had high coverages of the genome, and mutation analyses successfully identified the penetration of the B.1.1.7 variant into Israel in December 2020 in the central and north regions, and its spread into additional regions in January and February 2021, corresponding with clinical sampling results. Moreover, the wastewater analysis identified the B.1.1.7 variant in December 2020 in regions in which non-sufficient clinical sampling was available. Other variants of concern examined, including P.1 (Brazil/Manaus), B.1.429 (USA/California), B.1.526 (USA/New York), A.23.1 (Uganda) and B.1.525 (Unknown origin), did not show consistently elevated frequencies. This study exemplifies that surveillance by sewage is a robust approach which allows to monitor the diversity of SARS-CoV-2 strains circulating in the community. Most importantly, this approach can pre-identify the emergence of epidemiologically or clinically relevant mutations/variants, aiding in public health decision making.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1016/s0140-6736(21)00183-5
发表时间：
2021-02-06
期刊：
Lancet (London, England)
影响因子：
--
作者：
Sabino EC;Buss LF;Carvalho MPS;Prete CA Jr;Crispim MAE;Fraiji NA;Pereira RHM;Parag KV;da Silva Peixoto P;Kraemer MUG;Oikawa MK;Salomon T;Cucunuba ZM;Castro MC;de Souza Santos AA;Nascimento VH;Pereira HS;Ferguson NM;Pybus OG;Kucharski A;Busch MP;Dye C;Faria NR
通讯作者：
Faria NR
影响因子：
168.9
作者：
Huang, Chaolin;Wang, Yeming;Cao, Bin
通讯作者：
Cao, Bin
DOI：
10.1093/infdis/jiu384
发表时间：
2014-11-01
期刊：
The Journal of infectious diseases
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1016/j.coesh.2020.09.006
发表时间：
2020-10
影响因子：
--
作者：
Medema G;Been F;Heijnen L;Petterson S
通讯作者：
Petterson S
影响因子：
9.8
作者：
Ahmed, Warish;Bertsch, Paul M.;Kitajima, Masaaki
通讯作者：
Kitajima, Masaaki