A dynamic and integrated epigenetic program at distal regions orchestrates transcriptional responses to VEGFA
A dynamic and integrated epigenetic program at distal regions orchestrates transcriptional responses to VEGFA
复制标题
远端区域的动态综合表观遗传程序协调对 VEGFA 的转录反应
DOI：
10.1101/gr.239053.118
复制
发表时间：
2019-01
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Pu Wi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang Shiyan;Chen Jiahuan;Garcia Sara P.;Liang Xiaodong;Zhang Fang;Yan Pengyi;Yu Huijing;Wei Weiting;Li Zixuan;Wang Jingfang;Le Huangying;Han Zeguang;Luo Xusheng;Day Daniel S.;Stevens Sean M.;Zhang Yan;Park Peter J.;Liu Zhi-jie;Sun Kun;Yuan Guo-Cheng;Pu Wi
细胞行为是由表观遗传和转录程序决定的。关于细胞外刺激如何调节这些程序以重塑基因表达和控制细胞行为反应，人们知之甚少。在这里，我们询问了内皮细胞对VEGFA治疗的表观遗传和转录反应，发现了介导广泛转录组改变的快速染色质变化。VEGF应答基因与活性启动子相关，但启动子组蛋白标记的变化与基因表达变化并不紧密相关。VEGFA改变了转录因子的占有率和远端表观遗传景观，这深刻地促进了基因表达中的VEGF依赖性变化。VEGFA诱导的基因表达、动态增强子和转录因子占据率变化的整合产生了一个VEGFA调节的转录调控网络，这表明小MAF转录因子是VEGFA转录程序和血管生成的主调节因子。总的来说，这些结果表明，细胞外刺激迅速重新配置染色质景观协调调节生物反应。
Cell behaviors are dictated by epigenetic and transcriptional programs. Little is known about how extracellular stimuli modulate these programs to reshape gene expression and control cell behavioral responses. Here, we interrogated the epigenetic and transcriptional response of endothelial cells to VEGFA treatment and found rapid chromatin changes that mediate broad transcriptomic alterations. VEGFA-responsive genes were associated with active promoters, but changes in promoter histone marks were not tightly linked to gene expression changes. VEGFA altered transcription factor occupancy and the distal epigenetic landscape, which profoundly contributed to VEGFA-dependent changes in gene expression. Integration of gene expression, dynamic enhancer, and transcription factor occupancy changes induced by VEGFA yielded a VEGFA-regulated transcriptional regulatory network, which revealed that the small MAF transcription factors are master regulators of the VEGFA transcriptional program and angiogenesis. Collectively these results revealed that extracellular stimuli rapidly reconfigure the chromatin landscape to coordinately regulate biological responses.
登录
查看更多内容
影响因子：
4.4
作者：
Shen L;Shao N;Liu X;Nestler E
通讯作者：
Nestler E
DOI：
10.1093/emboj/19.6.1335
发表时间：
2000-03
期刊：
The EMBO Journal
影响因子：
--
作者：
K. Onodera;J. Shavit;H. Motohashi;Masayuki Yamamoto;J. D. Engel
通讯作者：
K. Onodera;J. Shavit;H. Motohashi;Masayuki Yamamoto;J. D. Engel
VEGF 通过 ETS1 乙酰化放大转录以促进血管生成
影响因子：
16.6
作者：
Chen J;Fu Y;Day DS;Sun Y;Wang S;Liang X;Gu F;Zhang F;Stevens SM;Zhou P;Li K;Zhang Y;Lin RZ;Smith LEH;Zhang J;Sun K;Melero-Martin JM;Han Z;Park PJ;Zhang B;Pu WT
通讯作者：
Pu WT
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
64.5
作者：
Hnisz D;Abraham BJ;Lee TI;Lau A;Saint-André V;Sigova AA;Hoke HA;Young RA
通讯作者：
Young RA