Population genetics of transposable element load: A mechanistic account of observed overdispersion.
Population genetics of transposable element load: A mechanistic account of observed overdispersion.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0270839
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
在对Mimulus guttatus和Drosophila melanogaster的自然群体内的转座因子（TE）丰度的经验分析中，我们发现TE计数的惊人的高方差（例如，方差与平均值之比在10至300的量级）。为了深入了解TE丰度的过度分散的人口分布的进化遗传机制，我们开发了一个数学模型TE人口遗传学，包括TE负载上的元素增殖和净化选择的动态。建模方法开始于一个主方程的出生-死亡过程，并扩展了TE动力学的经典理论的预测在几个方面。特别是，基于矩的人口分布的TE负载的分析表明，过度分散可能会出现通过复制和粘贴增殖动力学，特别是当增殖和切除的基本过程大致平衡。参数研究和分析工作证实了这一结果，并进一步表明，TE丰度的过度分散的人口分布可能不是总元素负载的净化选择的结果。
In an empirical analysis of transposable element (TE) abundance within natural populations of Mimulus guttatus and Drosophila melanogaster, we found a surprisingly high variance of TE count (e.g., variance-to-mean ratio on the order of 10 to 300). To obtain insight regarding the evolutionary genetic mechanisms that underlie the overdispersed population distributions of TE abundance, we developed a mathematical model of TE population genetics that includes the dynamics of element proliferation and purifying selection on TE load. The modeling approach begins with a master equation for a birth-death process and extends the predictions of the classical theory of TE dynamics in several ways. In particular, moment-based analyses of population distributions of TE load reveal that overdispersion is likely to arise via copy-and-paste proliferation dynamics, especially when the elementary processes of proliferation and excision are approximately balanced. Parameter studies and analytic work confirm this result and further suggest that overdispersed population distributions of TE abundance are probably not a consequence of purifying selection on total element load.
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影响因子：
4.5
作者：
Kofler R;Betancourt AJ;Schlötterer C
通讯作者：
Schlötterer C
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
1.5
作者：
CHARLESWORTH, B;CHARLESWORTH, D
通讯作者：
CHARLESWORTH, D
DOI：
10.1073/pnas.1319032110
发表时间：
2013-11-26
影响因子：
11.1
作者：
Hellsten, Uffe;Wright, Kevin M.;Rokhsar, Daniel S.
通讯作者：
Rokhsar, Daniel S.
影响因子：
10.7
作者：
Cridland JM;Macdonald SJ;Long AD;Thornton KR
通讯作者：
Thornton KR