KEGGtranslator: visualizing and converting the KEGG PATHWAY database to various formats.
KEGGtranslator: visualizing and converting the KEGG PATHWAY database to various formats.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr377
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发表时间：
2011-08-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zell A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wrzodek C;Dräger A;Zell A
KEGG PATHWAY数据库为代谢和非代谢途径提供了广泛使用的服务。它包含手动绘制的途径图，其中包含有关基因，反应和关系的信息。为了存储这些路径，KEGG使用KGML，一种专有的XML格式。需要解析器和翻译器来处理路径图以用于其他应用程序和算法。我们开发了KEGGtranslator，一个易于使用的独立应用程序，可以可视化和转换KGML格式的XML文件成多种输出格式。与其他翻译器不同，KEGGtranslator支持大量的输出格式，能够在KGML文档的范围之外增加翻译文档中的信息（例如MIRIAM注释），并将缺失的组件修改为路径内的片段反应，以允许对这些组件进行模拟。可用性：KEGGtranslator作为Java™ Web Start应用程序免费提供，可从http://www.cogsys.cs.uni-tuebingen.de/software/KEGGtranslator/下载。KGML文件可以从应用程序中下载。联系方式：clemens. uni-tuebingen.de补充信息：补充数据可在生物信息学在线获得。
Summary: The KEGG PATHWAY database provides a widely used service for metabolic and nonmetabolic pathways. It contains manually drawn pathway maps with information about the genes, reactions and relations contained therein. To store these pathways, KEGG uses KGML, a proprietary XML-format. Parsers and translators are needed to process the pathway maps for usage in other applications and algorithms. We have developed KEGGtranslator, an easy-to-use stand-alone application that can visualize and convert KGML formatted XML-files into multiple output formats. Unlike other translators, KEGGtranslator supports a plethora of output formats, is able to augment the information in translated documents (e.g. MIRIAM annotations) beyond the scope of the KGML document, and amends missing components to fragmentary reactions within the pathway to allow simulations on those. Availability: KEGGtranslator is freely available as a Java™ Web Start application and for download at http://www.cogsys.cs.uni-tuebingen.de/software/KEGGtranslator/. KGML files can be downloaded from within the application. Contact: clemens.wrzodek@uni-tuebingen.de Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
46.9
作者：
Le Novère, N;Finney, A;Wanner, BL
通讯作者：
Wanner, BL
SBML2L(A)T(E)X：将 SBML 文件转换为人类可读的报告。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp170
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Dräger A;Planatscher H;Motsou Wouamba D;Schröder A;Hucka M;Endler L;Golebiewski M;Müller W;Zell A
通讯作者：
Zell A
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp167
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Zhang JD;Wiemann S
通讯作者：
Wiemann S
影响因子：
3
作者：
Moutselos K;Kanaris I;Chatziioannou A;Maglogiannis I;Kolisis FN
通讯作者：
Kolisis FN
影响因子：
--
作者：
Draeger, Andreas;Hassis, Nadine;Zell, Andreas
通讯作者：
Zell, Andreas