SBML2L(A)T(E)X: conversion of SBML files into human-readable reports.
SBML2L(A)T(E)X: conversion of SBML files into human-readable reports.
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SBML2L(A)T(E)X：将 SBML 文件转换为人类可读的报告。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp170
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发表时间：
2009-06-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zell A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dräger A;Planatscher H;Motsou Wouamba D;Schröder A;Hucka M;Endler L;Golebiewski M;Müller W;Zell A
简介： 基于 XML 的系统生物学标记语言 (SBML) 已成为系统生物学模型存储、通信和交换的标准。作为一种机器可读的格式，XML 对于人类来说很难阅读和理解。有许多工具可以可视化存储在 SBML 文件中的反应路径，但许多组件，例如单位声明、复杂的动力学方程或 MIRIAM 资源的链接通常在这些图表中不可见。为了更广泛地理解模型、支持科学写作和错误检测，需要完整模型的人类可读报告。我们推出了 SBML2LaTEX，一个基于 Java 的独立程序来填补这一空白。便捷的网络服务允许用户直接将 SBML 转换为各种格式，包括 DVI、LaTEX 和 PDF，并提供许多自定义设置。可用性：源代码、文档和 Web 服务可在 http://www.ra.cs.uni-tuebingen.de/software/SBML2LaTeX 上免费获取。联系方式：andreas.draeger@uni-tuebingen.de 补充信息：补充数据可在生物信息学在线获取。
Summary: The XML-based Systems Biology Markup Language (SBML) has emerged as a standard for storage, communication and interchange of models in systems biology. As a machine-readable format XML is difficult for humans to read and understand. Many tools are available that visualize the reaction pathways stored in SBML files, but many components, e.g. unit declarations, complex kinetic equations or links to MIRIAM resources, are often not made visible in these diagrams. For a broader understanding of the models, support in scientific writing and error detection, a human-readable report of the complete model is needed. We present SBML2LaTEX, a Java-based stand-alone program to fill this gap. A convenient web service allows users to directly convert SBML to various formats, including DVI, LaTEX and PDF, and provides many settings for customization. Availability: Source code, documentation and a web service are freely available at http://www.ra.cs.uni-tuebingen.de/software/SBML2LaTeX. Contact:andreas.draeger@uni-tuebingen.de Supplementary information:Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
46.9
作者：
Le Novère, N;Finney, A;Wanner, BL
通讯作者：
Wanner, BL
影响因子：
5.8
作者：
Bornstein, Benjamin J.;Keating, Sarah M.;Hucka, Michael
通讯作者：
Hucka, Michael
影响因子：
5.8
作者：
Hucka, M;Finney, A;Wang, J
通讯作者：
Wang, J
影响因子：
--
作者：
Draeger, Andreas;Hassis, Nadine;Zell, Andreas
通讯作者：
Zell, Andreas
DOI：
10.1016/s1478-5382(03)02370-9
发表时间：
2003-11-01
期刊：
Biosilico
影响因子：
--
作者：
Funahashi, Akira;Morohashi, Mineo;Tanimura, Naoki
通讯作者：
Tanimura, Naoki