The metagenomic data life-cycle: standards and best practices.
The metagenomic data life-cycle: standards and best practices.
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DOI：
10.1093/gigascience/gix047
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发表时间：
2017-08-01
期刊：
影响因子：
9.2
通讯作者：
Cochrane G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ten Hoopen P;Finn RD;Bongo LA;Corre E;Fosso B;Meyer F;Mitchell A;Pelletier E;Pesole G;Santamaria M;Willassen NP;Cochrane G
只有在以协调的方式描述分析工作流程的情况下，才能比较来自独立研究的元基因组数据分析。在这一概述中，我们绘制了可用于描述元基因组学基本步骤的数据标准的图景：(I)材料采样，(Ii)材料测序，(Iii)数据分析，以及(Iv)数据存档和发布。以海洋研究为例，总结了在元基因组学实验中用于描述材料采样过程和测序过程的基本变量。科学界已经在某种程度上解决了元基因组数据集生成的这些方面，但仍需要更多的认识和采用。我们强调，缺乏有关报告如何分析元基因组数据集以及如何归档和公布元基因组数据分析结果的标准。我们建议将最佳实践作为社区标准的基础，以实现元基因组数据集的重复性和更好的共享，最终导致更大的元基因组数据重用和再利用。
Metagenomics data analyses from independent studies can only be compared if the analysis workflows are described in a harmonized way. In this overview, we have mapped the landscape of data standards available for the description of essential steps in metagenomics: (i) material sampling, (ii) material sequencing, (iii) data analysis, and (iv) data archiving and publishing. Taking examples from marine research, we summarize essential variables used to describe material sampling processes and sequencing procedures in a metagenomics experiment. These aspects of metagenomics dataset generation have been to some extent addressed by the scientific community, but greater awareness and adoption is still needed. We emphasize the lack of standards relating to reporting how metagenomics datasets are analysed and how the metagenomics data analysis outputs should be archived and published. We propose best practice as a foundation for a community standard to enable reproducibility and better sharing of metagenomics datasets, leading ultimately to greater metagenomics data reuse and repurposing.
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影响因子：
14.9
作者：
Cochrane G;Karsch-Mizrachi I;Takagi T;International Nucleotide Sequence Database Collaboration
通讯作者：
International Nucleotide Sequence Database Collaboration
影响因子：
--
作者：
Huntemann M;Ivanova NN;Mavromatis K;Tripp HJ;Paez-Espino D;Tennessen K;Palaniappan K;Szeto E;Pillay M;Chen IM;Pati A;Nielsen T;Markowitz VM;Kyrpides NC
通讯作者：
Kyrpides NC
影响因子：
14.9
作者：
Mitchell A;Bucchini F;Cochrane G;Denise H;ten Hoopen P;Fraser M;Pesseat S;Potter S;Scheremetjew M;Sterk P;Finn RD
通讯作者：
Finn RD
影响因子：
3
作者：
Meyer, F.;Paarmann, D.;Edwards, R. A.
通讯作者：
Edwards, R. A.
影响因子：
3.4
作者：
Orchard, S;Hermjakob, H;Apweiler, R
通讯作者：
Apweiler, R