Long read sequencing reveals novel isoforms and insights into splicing regulation during cell state changes.
Long read sequencing reveals novel isoforms and insights into splicing regulation during cell state changes.
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DOI：
10.1186/s12864-021-08261-2
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发表时间：
2022-01-10
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Haerty W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wright DJ;Hall NAL;Irish N;Man AL;Glynn W;Mould A;Angeles AL;Angiolini E;Swarbreck D;Gharbi K;Tunbridge EM;Haerty W
选择性剪接是导致细胞分化的关键机制，也是哺乳动物神经组织复杂性的驱动因素。然而，了解哪些异构体被差异使用或表达，以及这如何影响细胞分化仍不清楚。长阅读测序可以实现全长转录本的恢复和量化，从而能够对可选的剪接过程以及这些过程如何随着细胞状态的变化进行转录本水平的分析。在这里，我们利用牛津纳米孔技术测序技术来制作一个研究得很好的人类神经母细胞瘤细胞系SH-SY5Y的定制注释，并表征不同分化阶段的异构体表达和使用。我们发现了许多以前没有注释的特征，包括电压门控钙通道亚单位基因CACNA2D2的新转录本。我们展示了在分化过程中转录本的差异表达和使用，确定了未来状态变化调控研究的候选对象。我们的工作突出了长读测序的潜力，以揭示以前未知的转录多样性和影响选择性剪接的机制。网上版载有补充材料，可在10.1186/s12864-021-08261-2查阅。
Alternative splicing is a key mechanism underlying cellular differentiation and a driver of complexity in mammalian neuronal tissues. However, understanding of which isoforms are differentially used or expressed and how this affects cellular differentiation remains unclear. Long read sequencing allows full-length transcript recovery and quantification, enabling transcript-level analysis of alternative splicing processes and how these change with cell state. Here, we utilise Oxford Nanopore Technologies sequencing to produce a custom annotation of a well-studied human neuroblastoma cell line SH-SY5Y, and to characterise isoform expression and usage across differentiation. We identify many previously unannotated features, including a novel transcript of the voltage-gated calcium channel subunit gene, CACNA2D2. We show differential expression and usage of transcripts during differentiation identifying candidates for future research into state change regulation. Our work highlights the potential of long read sequencing to uncover previously unknown transcript diversity and mechanisms influencing alternative splicing. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12864-021-08261-2.
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DOI：
10.1113/jp272262
发表时间：
2016-10-01
期刊：
The Journal of physiology
影响因子：
--
作者：
Dolphin AC
通讯作者：
Dolphin AC
影响因子：
11
作者：
Clark, Michael B.;Wrzesinski, Tomasz;Tunbridge, Elizabeth M.
通讯作者：
Tunbridge, Elizabeth M.
影响因子：
--
作者：
Dolphin, Annette C
通讯作者：
Dolphin, Annette C
影响因子：
5.3
作者：
Barclay, J;Balaguero, N;Rees, M
通讯作者：
Rees, M
自闭症谱系障碍（ASD）、精神分裂症和双相情感障碍中全转录组异构体水平失调
影响因子：
56.9
作者：
Gandal, Michael J.;Zhang, Pan;Geschwind, Daniel H.
通讯作者：
Geschwind, Daniel H.