Genomic Variation Landscape of the Model Salt Cress Eutrema salsugineum.
Genomic Variation Landscape of the Model Salt Cress Eutrema salsugineum.
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模式盐田芥Eutrema salsugineum 的基因组变异景观
DOI：
10.3389/fpls.2021.700161
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发表时间：
2021
影响因子：
5.6
通讯作者：
Zhao G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang X;Rao H;Ma J;Chen X;Li G;Zhao G
盐地黄皮（Eutrema salsugineum）一直被用作研究植物盐胁迫和其他非生物胁迫的模式植物。除了在实验室中广泛使用的正向遗传学方法外，自然变异无疑将为研究该物种的胁迫耐受性和局部适应性的分子机制提供丰富的遗传资源。我们使用了90个重新测序的全基因组的自然种群的这个物种在其亚洲和北美的分布，以检测选择信号的基因参与盐和其他压力的物种范围水平和本地分布。我们检测到选择信号的基因参与盐和其他非生物耐受性在物种水平上。此外，一些冷诱导基因和防御基因分别在北美-俄罗斯东北部和中国北方地区表现出局部适应的选择信号。这些变化和发现提供了宝贵的资源，进一步破译的遗传机制的压力耐受性和本地适应这一模式物种。
Eutrema salsugineum has long been used as the model for examining salt and other abiotic stress in plants. In addition to the forward genetics approaches widely used in the lab, natural variations undoubtedly will provide a rich genetic resource for studying molecular mechanisms underlying the stress tolerance and local adaptation of this species. We used 90 resequencing whole genomes of natural populations of this species across its Asian and North American distributions to detect the selection signals for genes involved in salt and other stresses at the species-range level and local distribution. We detected selection signals for genes involved in salt and other abiotic tolerance at the species level. In addition, several cold-induced and defense genes showed selection signals due to local adaptation in North America-NE Russia or northern China, respectively. These variations and findings provide valuable resources for further deciphering genetic mechanisms underlying the stress tolerance and local adaptations of this model species.
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影响因子：
7.4
作者：
LYNCH, DV;THOMPSON, GA
通讯作者：
THOMPSON, GA
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作者：
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Lascoux, Martin