Visualizing ATP-dependent RNA translocation by the NS3 helicase from HCV.
Visualizing ATP-dependent RNA translocation by the NS3 helicase from HCV.
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DOI：
10.1016/j.jmb.2010.11.034
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发表时间：
2011-02-04
影响因子：
5.6
通讯作者：
Somoza JR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Appleby TC;Anderson R;Fedorova O;Pyle AM;Wang R;Liu X;Brendza KM;Somoza JR
丙型肝炎病毒非结构蛋白3(NS3)沿RNA转位的结构机制目前尚不清楚。丙型肝炎病毒NS3是一种依赖于ATP的运动蛋白，是病毒复制所必需的，也是超家族2(SF2)解旋酶的一员。使用标记的RNA寡核苷酸的结晶学分析使我们能够毫不含糊地跟踪在ATP水解周期的两个离散步骤中与全长丙型肝炎病毒NS3结合的RNA的位置变化。丙型肝炎病毒NS3的晶体结构，与溴标记的RNA结合的NS3，以及与标记的RNA结合的NS3的第三复合体和一个不可水解的ATP类似物提供了一个直观的信息，即由于ATP结合和水解而产生的大的结构域移动如何允许酶沿着磷酸二酯骨架移位。虽然观察到每个水解物中一个碱基对对丙型肝炎病毒NS3的定向易位，但RNA的3‘端不相对于保守的色氨酸残基移位寄存器，支持一种“弹簧加载”机制，这种机制导致酶在沿核酸底物移动时走得更大。
The structural mechanism by which non-structural protein 3 (NS3) from the hepatitis C virus (HCV) translocates along RNA is currently unknown. HCV NS3 is an ATP-dependent motor protein essential for viral replication and a member of the superfamily 2 (SF2) helicases. Crystallographic analysis using a labeled RNA oligonucleotide allowed us to unambiguously track the positional changes of RNA bound to full-length HCV NS3 during two discrete steps of the ATP hydrolytic cycle. The crystal structures of HCV NS3, NS3 bound to bromine-labeled RNA, and a tertiary complex of NS3 bound to labeled RNA and a non-hydrolyzable ATP analog provide a direct view of how large domain movements resulting from ATP binding and hydrolysis allow the enzyme to translocate along the phosphodiester backbone. While directional translocation of HCV NS3 by a single base pair per ATP hydrolyzed is observed, the 3’-end of the RNA does not shift register with respect to a conserved tryptophan residue, supporting a “spring-loading” mechanism that leads to larger steps by the enzyme as it moves along a nucleic acid substrate.
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影响因子：
14.9
作者：
Gorbalenya AE;Koonin EV;Donchenko AP;Blinov VM
通讯作者：
Blinov VM
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
5.4
作者：
Beran, Rudolf K. F.;Lindenbach, Brett D.;Pyle, Anna Marie
通讯作者：
Pyle, Anna Marie
影响因子：
5.4
作者：
FAILLA, C;TOMEI, L;DEFRANCESCO, R
通讯作者：
DEFRANCESCO, R
影响因子：
4.8
作者：
Beran, Rudolf K. F.;Serebrov, Victor;Pyle, Anna Marie
通讯作者：
Pyle, Anna Marie