Cotranslational protein-RNA associations predict protein-protein interactions.
Cotranslational protein-RNA associations predict protein-protein interactions.
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DOI：
10.1186/1471-2164-15-298
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发表时间：
2014-04-22
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Mata J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Duncan CD;Mata J
大多数细胞蛋白质作为稳定蛋白质复合物的一部分发挥作用。我们最近发现，大约38%的蛋白质与编码相互作用蛋白质的mRNA相关，反映了诱饵蛋白和相互作用mRNA编码的新生肽之间复合物的共翻译形成。在这里，我们假设这些共翻译蛋白质-mRNA协会可用于预测蛋白质-蛋白质相互作用。我们发现，裂殖酵母exo 2蛋白，它编码的XRN 1家族的核酸外切酶，共免疫沉淀与eti 1 mRNA，编码的蛋白质未知的功能和无信息序列。基于这种蛋白质-mRNA关联，我们预测Exo 2和Eti 1蛋白是同一复合物的一部分，并通过蛋白质的共免疫沉淀和共定位证实了这一假设。同样，我们表明，Sty 1 MAP激酶和cip 2 mRNA，它编码的RNA结合蛋白之间的共翻译相互作用，预测Sty 1和Cip 2之间的复合物。我们的研究结果表明，共翻译蛋白质-mRNA协会可用于识别蛋白质复合物的新组件。
Most cellular proteins function as part of stable protein complexes. We recently showed that around 38% of proteins associate with mRNAs that encode interacting proteins, reflecting the cotranslational formation of the complex between the bait protein and the nascent peptides encoded by the interacting mRNAs. Here we hypothesise that these cotranslational protein-mRNA associations can be used to predict protein-protein interactions. We found that the fission yeast Exo2 protein, which encodes an exonuclease of the XRN1 family, coimmunoprecipitates with the eti1 mRNA, which codes for a protein of unknown function and uninformative sequence. Based on this protein-mRNA association, we predicted that the Exo2 and Eti1 protein are part of the same complex, and confirmed this hypothesis by coimmunoprecipitation and colocalization of the proteins. Similarly, we show that the cotranslational interaction between the Sty1 MAP kinase and the cip2 mRNA, which encodes an RNA-binding protein, predicts a complex between Sty1 and Cip2. Our results demonstrate that cotranslational protein-mRNA associations can be used to identify new components of protein complexes.
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