The Sequenced Angiosperm Genomes and Genome Databases.
The Sequenced Angiosperm Genomes and Genome Databases.
复制标题
被子植物基因组和基因组数据库测序。
DOI：
10.3389/fpls.2018.00418
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发表时间：
2018
影响因子：
5.6
通讯作者：
Zhang L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen F;Dong W;Zhang J;Guo X;Chen J;Wang Z;Lin Z;Tang H;Zhang L
被子植物是有花植物，为人类提供食物、能源、氧气和物质等生活必需的资源。它们还促进了人类、动物和地球的进化。尽管在基因组报告或测序技术方面取得了许多进展，但没有一个综述涵盖所有已发布的被子植物基因组和用于数据共享的基因组数据库。基于近年来数据库重建的快速发展和创新，本文对被子植物基因组数据库的三种主要类型，即单种数据库、单支数据库和多种数据库进行了综述。每种类型的数据库的范围，工具和数据及其功能进行了简要的讨论。单个物种或物种进化枝的基因组数据库对于特定的研究人员群体来说特别受欢迎，而及时更新的综合数据库对于解决基因组规模的重大科学奥秘更有力量。考虑到现有数据库中开花植物的覆盖率较低，我们建议建立一个全面的数据库，以促进大规模的被子植物基因组比较研究，并促进植物生物学中重要问题的合作研究。
Angiosperms, the flowering plants, provide the essential resources for human life, such as food, energy, oxygen, and materials. They also promoted the evolution of human, animals, and the planet earth. Despite the numerous advances in genome reports or sequencing technologies, no review covers all the released angiosperm genomes and the genome databases for data sharing. Based on the rapid advances and innovations in the database reconstruction in the last few years, here we provide a comprehensive review for three major types of angiosperm genome databases, including databases for a single species, for a specific angiosperm clade, and for multiple angiosperm species. The scope, tools, and data of each type of databases and their features are concisely discussed. The genome databases for a single species or a clade of species are especially popular for specific group of researchers, while a timely-updated comprehensive database is more powerful for address of major scientific mysteries at the genome scale. Considering the low coverage of flowering plants in any available database, we propose construction of a comprehensive database to facilitate large-scale comparative studies of angiosperm genomes and to promote the collaborative studies of important questions in plant biology.
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