PGDD: a database of gene and genome duplication in plants.
PGDD: a database of gene and genome duplication in plants.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gks1104
复制
发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Paterson AH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee TH;Tang H;Wang X;Paterson AH
基因组复制（GD）永久地塑造了许多高等真核生物基因组的结构和功能。被子植物（开花植物）是阐明GD对高等真核生物的影响的杰出模型，因为它们在少数情况下具有染色体复制甚至三倍的倾向。重复的基因组结构通常需要基因组内和基因组间的比对来揭示它们的进化史，也提供了推断基因之间明显或不明显的同源性、相似性和其他关系的方法。新兴的被子植物基因组序列为基因和GD的功能和进化结果的大量研究提供了基础。为了根据统一的标准从单一资源中提供基因组比对，并经实证研究验证，我们建立了植物基因组重复数据库（PGDD；免费获取于http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/），这是一个提供染色体共线性方面的同质性信息的网络服务。目前，PGDD包含26种植物的数据，包括苔藓植物和绿藻，以及具有草图基因组序列的被子植物。除了加入新的基因组之外，我们正在准备新的功能来增强PGDD。
Genome duplication (GD) has permanently shaped the architecture and function of many higher eukaryotic genomes. The angiosperms (flowering plants) are outstanding models in which to elucidate consequences of GD for higher eukaryotes, owing to their propensity for chromosomal duplication or even triplication in a few cases. Duplicated genome structures often require both intra- and inter-genome alignments to unravel their evolutionary history, also providing the means to deduce both obvious and otherwise-cryptic orthology, paralogy and other relationships among genes. The burgeoning sets of angiosperm genome sequences provide the foundation for a host of investigations into the functional and evolutionary consequences of gene and GD. To provide genome alignments from a single resource based on uniform standards that have been validated by empirical studies, we built the Plant Genome Duplication Database (PGDD; freely available at http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/), a web service providing synteny information in terms of colinearity between chromosomes. At present, PGDD contains data for 26 plants including bryophytes and chlorophyta, as well as angiosperms with draft genome sequences. In addition to the inclusion of new genomes as they become available, we are preparing new functions to enhance PGDD.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.8
作者：
Aury, Jean-Marc;Jaillon, Olivier;Wincker, Patrick
通讯作者：
Wincker, Patrick
影响因子：
5.4
作者：
Kim, Changsoo;Zhang, Dong;Paterson, Andrew H.
通讯作者：
Paterson, Andrew H.
植物12-氧代植物二烯酸还原酶基因家族的系统发育分析、结构进化和功能分化
影响因子：
3.4
作者：
Li W;Liu B;Yu L;Feng D;Wang H;Wang J
通讯作者：
Wang J
影响因子：
64.8
作者：
D'Hont, Angelique;Denoeud, France;Wincker, Patrick
通讯作者：
Wincker, Patrick
影响因子：
2.1
作者：
Hyun, Tae Kyung;Kim, Ju-Sung;Kim, Sun-Hyung
通讯作者：
Kim, Sun-Hyung