Pyrosequence read length of 16S rRNA gene affects phylogenetic assignment of plant-associated bacteria.
Pyrosequence read length of 16S rRNA gene affects phylogenetic assignment of plant-associated bacteria.
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旋索读取16S rRNA基因的长度会影响植物相关细菌的系统发育分配。
DOI：
10.1264/jsme2.me11258
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发表时间：
2012
影响因子：
2.2
通讯作者：
Minamisawa K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Okubo T;Ikeda S;Yamashita A;Terasawa K;Minamisawa K
16S rRNA基因的焦序靶向已被用于与大田种植植物相关的微生物群落。为了根据读数长度和生物信息学工具检验系统发育漂移，利用水稻根部微生物群落的焦解序列和Sanger读数，比较了覆盖16S rRNA基因V1-V4区的原始序列和片段(250-570bp)。在属水平上的系统发育分配依赖于阅读长度，特别是慢生根瘤菌属，它是与植物相关的重要的生态细菌属之一。我们讨论了利用16S rRNA焦解序列对植物伴生细菌进行系统发育归属的方法。
Pyrosequence targeting of the 16S rRNA gene has been adopted for microbial communities associated with field-grown plants. To examine phylogenetic drifts according to read length and bioinformatic tools, original and chopped sequences (250–570 bp) covering the V1–V4 regions of 16S rRNA genes were compared using pyrosequence and Sanger reads of rice root microbiomes. The phylogenetic assignment at genus level depended on read length, especially in the genus Bradyrhizobium, which is one of the ecologically important bacterial genera associated with plants. We discuss the methodology of phylogenetic assignments of plant-associated bacteria by 16S rRNA pyrosequence.
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