Fast, axis-agnostic, dynamically summarized storage and retrieval for mass spectrometry data.
Fast, axis-agnostic, dynamically summarized storage and retrieval for mass spectrometry data.
复制标题
DOI：
10.1371/journal.pone.0188059
复制
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Smith R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Handy K;Rosen J;Gillan A;Smith R
质谱分析是一种用于阐明实验样品分子含量的流行技术，它创建了由数百万个三维（m/z，保留时间，强度）数据点组成的数据集，这些数据点对应于分析分子的类型和数量。开放和商业MS数据格式按保留时间排列，在跨多个m/z访问数据时会产生延迟。现有的MS存储和检索方法是为了克服基于保留时间的数据格式的限制而开发的，但不提供某些功能，如动态汇总和点元数据的存储和检索（如信号簇成员），妨碍了有效的查看应用程序和某些数据处理方法。本文描述了MzTree，一个空间数据库，旨在提供动态汇总的标准和增强的MS数据的实时存储和检索，在m/z和RT方向上具有快速性能。报告实际数据的性能，并与相关的已发布检索系统进行比较。
Mass spectrometry, a popular technique for elucidating the molecular contents of experimental samples, creates data sets comprised of millions of three-dimensional (m/z, retention time, intensity) data points that correspond to the types and quantities of analyzed molecules. Open and commercial MS data formats are arranged by retention time, creating latency when accessing data across multiple m/z. Existing MS storage and retrieval methods have been developed to overcome the limitations of retention time-based data formats, but do not provide certain features such as dynamic summarization and storage and retrieval of point meta-data (such as signal cluster membership), precluding efficient viewing applications and certain data-processing approaches. This manuscript describes MzTree, a spatial database designed to provide real-time storage and retrieval of dynamically summarized standard and augmented MS data with fast performance in both m/z and RT directions. Performance is reported on real data with comparisons against related published retrieval systems.
登录
查看更多内容
影响因子：
3
作者：
Sturm M;Bertsch A;Gröpl C;Hildebrandt A;Hussong R;Lange E;Pfeifer N;Schulz-Trieglaff O;Zerck A;Reinert K;Kohlbacher O
通讯作者：
Kohlbacher O
影响因子：
7
作者：
Bouyssie, David;Dubois, Marc;Monsarrat, Bernard
通讯作者：
Monsarrat, Bernard
影响因子：
3.4
作者：
Deutsch, Eric
通讯作者：
Deutsch, Eric
影响因子：
7.4
作者：
Scheltema, Richard A.;Jankevics, Andris;Breitling, Rainer
通讯作者：
Breitling, Rainer
影响因子：
7
作者：
Wilhelm, Mathias;Kirchner, Marc;Steen, Hanno
通讯作者：
Steen, Hanno