Chromosome position effects on gene expression in Escherichia coli K-12.
Chromosome position effects on gene expression in Escherichia coli K-12.
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DOI：
10.1093/nar/gku828
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发表时间：
2014-10
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lee DJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bryant JA;Sellars LE;Busby SJ;Lee DJ
在真核生物中，已知基因在染色体上的位置会影响其表达，但在细菌中对这种位置效应知之甚少。在这里，使用大肠杆菌K-12，我们证明了报告基因盒的表达，包括模式E。驱动GFP表达的大肠杆菌lac启动子，根据其在染色体上的精确位置而变化约300倍。在某些位置，表达比天然乳糖启动子基因座高3倍以上，而在其他几个位置，报告盒完全沉默：有效地覆盖当地乳糖启动子控制。这些效应不是由于部分复制的基因组引起的基因拷贝数的差异。相反，基因表达的差异主要发生在转录水平上，并由染色体组织中涉及的几个不同特征介导。总之，我们的研究结果确定了一层以上的本地启动子控制的基因调控，并强调了染色体位置对细菌基因表达谱的影响的重要性。
In eukaryotes, the location of a gene on the chromosome is known to affect its expression, but such position effects are poorly understood in bacteria. Here, using Escherichia coli K-12, we demonstrate that expression of a reporter gene cassette, comprised of the model E. coli lac promoter driving expression of gfp, varies by ∼300-fold depending on its precise position on the chromosome. At some positions, expression was more than 3-fold higher than at the natural lac promoter locus, whereas at several other locations, the reporter cassette was completely silenced: effectively overriding local lac promoter control. These effects were not due to differences in gene copy number, caused by partially replicated genomes. Rather, the differences in gene expression occur predominantly at the level of transcription and are mediated by several different features that are involved in chromosome organization. Taken together, our findings identify a tier of gene regulation above local promoter control and highlight the importance of chromosome position effects on gene expression profiles in bacteria.
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影响因子：
14.9
作者：
Block DH;Hussein R;Liang LW;Lim HN
通讯作者：
Lim HN
影响因子：
3.2
作者：
Corcoran, Colin P.;Cameron, Andrew D. S.;Dorman, Charles J.
通讯作者：
Dorman, Charles J.
影响因子：
64.8
作者：
Guelen, Lars;Pagie, Ludo;van Steensel, Bas
通讯作者：
van Steensel, Bas
DOI：
10.1016/0304-4165(71)90053-5
发表时间：
1971-01-01
期刊：
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA
影响因子：
--
作者：
BURSTEIN, C;KEPES, A
通讯作者：
KEPES, A
影响因子：
14.9
作者：
Keseler IM;Mackie A;Peralta-Gil M;Santos-Zavaleta A;Gama-Castro S;Bonavides-Martínez C;Fulcher C;Huerta AM;Kothari A;Krummenacker M;Latendresse M;Muñiz-Rascado L;Ong Q;Paley S;Schröder I;Shearer AG;Subhraveti P;Travers M;Weerasinghe D;Weiss V;Collado-Vides J;Gunsalus RP;Paulsen I;Karp PD
通讯作者：
Karp PD