Differential abundance analysis for microbial marker-gene surveys.
Differential abundance analysis for microbial marker-gene surveys.
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DOI：
10.1038/nmeth.2658
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发表时间：
2013-12
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Pop, Mihai
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Paulson, Joseph N.;Stine, O. Colin;Bravo, Hector Corrada;Pop, Mihai
我们介绍了一种新的方法来分析稀疏的高通量标记基因调查数据的差异丰度。我们的方法在metagenomeSeq Bioconductor包中实现，依赖于一种新的归一化技术和统计模型，该模型可以解释采样不足：大规模标记基因研究的共同特征。我们使用模拟数据和几个已发表的微生物群数据集表明，metagenomeSeq优于目前在该领域使用的工具。
We introduce a novel methodology for differential abundance analysis in sparse high-throughput marker gene survey data. Our approach, implemented in the metagenomeSeq Bioconductor package, relies on a novel normalization technique and a statistical model that accounts for under-sampling: a common feature of large-scale marker gene studies. We show, using simulated data and several published microbiota datasets, that metagenomeSeq outperforms the tools currently used in this field.
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