FungiFun2: a comprehensive online resource for systematic analysis of gene lists from fungal species.
FungiFun2: a comprehensive online resource for systematic analysis of gene lists from fungal species.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu627
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发表时间：
2015-02-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Linde J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Priebe S;Kreisel C;Horn F;Guthke R;Linde J
摘要：从组学数据中系统地提取生物学意义是系统生物学的一个主要挑战。富集分析通常用于识别候选列表中的特征模式。FungiFun是一个用户友好的Web工具，用于真菌基因和蛋白质的功能富集分析。新工具FungiFun 2使用完全修订的数据管理系统，因此可以对标准数据库中公布的298种现有真菌菌株进行富集分析。FungiFun 2提供了一个现代化的Web界面，并创建交互式表格，图表和图形，用户可以直接根据自己的需要进行操作。可用性和实现：FungiFun 2、示例和教程可在https://elbe.hki-jena.de/fungifun/上公开获取。联系人：joerg.linde @ hki-jena.de hki-jena.de
Summary: Systematically extracting biological meaning from omics data is a major challenge in systems biology. Enrichment analysis is often used to identify characteristic patterns in candidate lists. FungiFun is a user-friendly Web tool for functional enrichment analysis of fungal genes and proteins. The novel tool FungiFun2 uses a completely revised data management system and thus allows enrichment analysis for 298 currently available fungal strains published in standard databases. FungiFun2 offers a modern Web interface and creates interactive tables, charts and figures, which users can directly manipulate to their needs. Availability and implementation: FungiFun2, examples and tutorials are publicly available at https://elbe.hki-jena.de/fungifun/. Contact: steffen.priebe@hki-jena.de or joerg.linde@hki-jena.de
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DOI：
10.1128/genomea.00888-14
发表时间：
2014-09-11
期刊：
Genome announcements
影响因子：
--
作者：
Linde J;Schwartze V;Binder U;Lass-Flörl C;Voigt K;Horn F
通讯作者：
Horn F
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
3
作者：
Blackwell, Meredith
通讯作者：
Blackwell, Meredith
影响因子：
14.9
作者：
Kersey PJ;Lawson D;Birney E;Derwent PS;Haimel M;Herrero J;Keenan S;Kerhornou A;Koscielny G;Kähäri A;Kinsella RJ;Kulesha E;Maheswari U;Megy K;Nuhn M;Proctor G;Staines D;Valentin F;Vilella AJ;Yates A
通讯作者：
Yates A
影响因子：
14.9
作者：
Huang, Da Wei;Sherman, Brad T.;Lempicki, Richard A.
通讯作者：
Lempicki, Richard A.