Bioinformatics toolbox for exploring protein phosphorylation network
Bioinformatics toolbox for exploring protein phosphorylation network
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用于探索蛋白质磷酸化网络的生物信息学工具箱
DOI：
10.1093/bib/bbaa134
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发表时间：
2020-07
影响因子：
9.5
通讯作者：
Yang Guang-Fu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shi Xing-Xing;Wu Feng-Xu;Mei Long-Can;Wang Yu-Liang;Hao Ge-Fei;Yang Guang-Fu
底物磷酸化位点与其效应激酶之间的相互作用在揭示细胞活性、理解信号调节机制和提出新的假说方面起着重要作用。生物信息学工具的出现为磷酸化网络的研究提供了新的工具。其中一些具有网络可视化功能，能够以清晰简洁的方式更有效地跟踪潜在的生物学问题。本文旨在提供一个探索磷酸化网络的工具箱。本文首先对19种磷酸化网络研究工具进行了系统综述，然后从功能、数据来源、性能、网络可视化和实现等方面对这些工具进行了比较分析和总结，以指导工具的选择，最后简要讨论了这些工具的应用案例。在不同的情况下，关于工具是否适合特定用户的结论可能会有所不同。尽管如此，事实证明，容易获得的生物信息学工具有助于生物学研究结果。希望这项工作也可以帮助非专业人员，学生以及旨在开发磷酸化修饰领域新工具的计算科学家。
A clear systematic delineation of the interactions between phosphorylation sites on substrates and their effector kinases plays a fundamental role in revealing cellular activities, understanding signaling modulation mechanisms and proposing novel hypotheses. The emergence of bioinformatics tools contributes to studying phosphorylation network. Some of them feature the visualization of network, enabling more effective trace of the underlying biological problems in a clear and succinct way. In this review, we aimed to provide a toolbox for exploring phosphorylation network. We first systematically surveyed 19 tools that are available for exploring phosphorylation networks, and subsequently comparatively analyzed and summarized these tools to guide tool selection in terms of functionality, data sources, performance, network visualization and implementation, and finally briefly discussed the application cases of these tools. In different scenarios, the conclusion on the suitability of a tool for a specific user may vary. Nevertheless, easily accessible bioinformatics tools are proved to facilitate biological findings. Hopefully, this work might also assist non-specialists, students, as well as computational scientists who aim at developing novel tools in the field of phosphorylation modification.
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影响因子：
14.9
作者：
von Mering C;Jensen LJ;Kuhn M;Chaffron S;Doerks T;Krüger B;Snel B;Bork P
通讯作者：
Bork P
影响因子：
8
作者：
Meng Z;Ma X;Du J;Wang X;He M;Gu Y;Zhang J;Han W;Fang Z;Gan X;Van Ness C;Fu X;Schones DE;Xu R;Huang W
通讯作者：
Huang W
DOI：
--
发表时间：
--
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
R. Newman;Jianfei Hu;Hee-Sool Rho;Zhi Xie;Crystal L. Woodard;J. Neiswinger;Christopher Cooper;
通讯作者：
R. Newman;Jianfei Hu;Hee-Sool Rho;Zhi Xie;Crystal L. Woodard;J. Neiswinger;Christopher Cooper;
DOI：
10.1093/database/bau034
发表时间：
2014
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Huang KY;Wu HY;Chen YJ;Lu CT;Su MG;Hsieh YC;Tsai CM;Lin KI;Huang HD;Lee TY;Chen YJ
通讯作者：
Chen YJ
影响因子：
82.9
作者：
通讯作者：
--