Sex- and tissue-specific functions of Drosophila doublesex transcription factor target genes.
Sex- and tissue-specific functions of Drosophila doublesex transcription factor target genes.
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DOI：
10.1016/j.devcel.2014.11.021
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发表时间：
2014-12-22
影响因子：
11.8
通讯作者：
Oliver, Brian
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Clough, Emily;Jimenez, Erin;Kim, Yoo-Ah;Whitworth, Cale;Neville, Megan C.;Hempel, Leonie U.;Pavlou, Hania J.;Chen, Zhen-Xia;Sturgill, David;Dale, Ryan K.;Smith, Harold E.;Przytycka, Teresa M.;Goodwin, Stephen F.;Van Doren, Mark;Oliver, Brian
初级性别决定“开关”进化迅速，但与Doublemex（DSX）相关的转录因子（DMRTs）在这些开关的下游起作用，以控制大多数动物物种的性发育。果蝇dsx编码雌性和雄性特异性亚型（DSXF和DSXM），但对dsx如何控制性发育，DSXF和DSXM是否结合不同的靶点，或DSX蛋白如何在不同组织中指导不同的结果知之甚少。我们进行了全基因组分析，以确定DSX的目标，在体内占用，结合位点预测，和进化保守。我们发现，DSXF和DSXM在两性的多个组织中结合了数千个相同的靶点，但这些靶点具有性别和组织特异性功能。有趣的是，DSX靶标与针对小鼠DMRT 1鉴定的靶标显示出相当大的重叠。DSX靶标包括转录因子和信号传导途径组分，其提供性别偏向表达的直接和间接调节。
Primary sex determination “switches” evolve rapidly, but Doublesex (DSX) related transcription factors (DMRTs) act downstream of these switches to control sexual development in most animal species. Drosophila dsx encodes female- and male-specific isoforms (DSXF and DSXM), but little is known about how dsx controls sexual development, whether DSXF and DSXM bind different targets, or how DSX proteins direct different outcomes in diverse tissues. We undertook genome-wide analyses to identify DSX targets using in vivo occupancy, binding site prediction, and evolutionary conservation. We find that DSXF and DSXM bind thousands of the same targets in multiple tissues in both sexes, yet these targets have sex- and tissue-specific functions. Interestingly, DSX targets show considerable overlap with targets identified for mouse DMRT1. DSX targets include transcription factors and signaling pathway components providing for direct and indirect regulation of sex-biased expression.
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影响因子：
64.8
作者：
Clark, Andrew G.;Eisen, Michael B.;MacCallum, Iain
通讯作者：
MacCallum, Iain
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
4.6
作者：
Chatterjee, Sujash S.;Uppendahl, Locke D.;Siegal, Mark L.
通讯作者：
Siegal, Mark L.
影响因子：
14.9
作者：
Flicek P;Ahmed I;Amode MR;Barrell D;Beal K;Brent S;Carvalho-Silva D;Clapham P;Coates G;Fairley S;Fitzgerald S;Gil L;García-Girón C;Gordon L;Hourlier T;Hunt S;Juettemann T;Kähäri AK;Keenan S;Komorowska M;Kulesha E;Longden I;Maurel T;McLaren WM;Muffato M;Nag R;Overduin B;Pignatelli M;Pritchard B;Pritchard E;Riat HS;Ritchie GR;Ruffier M;Schuster M;Sheppard D;Sobral D;Taylor K;Thormann A;Trevanion S;White S;Wilder SP;Aken BL;Birney E;Cunningham F;Dunham I;Harrow J;Herrero J;Hubbard TJ;Johnson N;Kinsella R;Parker A;Spudich G;Yates A;Zadissa A;Searle SM
通讯作者：
Searle SM