deepBase v3.0: expression atlas and interactive analysis of ncRNAs from thousands of deep-sequencing data.
deepBase v3.0: expression atlas and interactive analysis of ncRNAs from thousands of deep-sequencing data.
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deepBase v3.0：来自数千个深度测序数据的 ncRNA 的表达图谱和交互式分析
DOI：
10.1093/nar/gkaa1039
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发表时间：
2021-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Yang J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xie F;Liu S;Wang J;Xuan J;Zhang X;Qu L;Zheng L;Yang J
摘要真核生物基因组编码数千种大小不等的非编码RNA（ncRNA）。然而，这些ncRNA的表达、功能和进化在很大程度上仍然未知。在这项研究中，我们将deepBase更新到了3.0版（deepBase v3.0，http：//rna.sysu.edu.cn/deepbase3/index.html），这是一个越来越受欢迎的开放许可资源，通过深入挖掘来自组织，肿瘤和外泌体样本的数千个高通量测序数据，促进了各种ncRNA的表达，进化和功能的整合和交互式展示和分析。我们更新了deepBase v3.0，通过整合来自80个正常组织和1050个癌症组织的67620个数据，提供了最全面的小RNA和lncRNA表达图谱。各种ncRNA的细胞外模式进行了分析，以探索其应用发现的非侵入性生物标志物。此外，我们通过分析超过45 000个癌症样本数据和相应的临床信息，构建了tRNA衍生的RNA片段（tRFs）、miRNA、snoRNA和lncRNA的生存图。我们还开发了交互式网络，以分析近50种癌症中各种ncRNA的差异表达和生物学功能。本次更新预计将提供各种新的模块和图形可视化，以促进分析和探索各种类型的ncRNA的功能和机制。
Abstract Eukaryotic genomes encode thousands of small and large non-coding RNAs (ncRNAs). However, the expression, functions and evolution of these ncRNAs are still largely unknown. In this study, we have updated deepBase to version 3.0 (deepBase v3.0, http://rna.sysu.edu.cn/deepbase3/index.html), an increasingly popular and openly licensed resource that facilitates integrative and interactive display and analysis of the expression, evolution, and functions of various ncRNAs by deeply mining thousands of high-throughput sequencing data from tissue, tumor and exosome samples. We updated deepBase v3.0 to provide the most comprehensive expression atlas of small RNAs and lncRNAs by integrating ∼67 620 data from 80 normal tissues and ∼50 cancer tissues. The extracellular patterns of various ncRNAs were profiled to explore their applications for discovery of noninvasive biomarkers. Moreover, we constructed survival maps of tRNA-derived RNA Fragments (tRFs), miRNAs, snoRNAs and lncRNAs by analyzing >45 000 cancer sample data and corresponding clinical information. We also developed interactive webs to analyze the differential expression and biological functions of various ncRNAs in ∼50 types of cancers. This update is expected to provide a variety of new modules and graphic visualizations to facilitate analyses and explorations of the functions and mechanisms of various types of ncRNAs.
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