Single-cell transcriptional landscape of long non-coding RNAs orchestrating mouse heart development.
Single-cell transcriptional landscape of long non-coding RNAs orchestrating mouse heart development.
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DOI：
10.1038/s41419-023-06296-9
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发表时间：
2023-12-18
影响因子：
9
通讯作者：
Maracaja-Coutinho, Vinicius
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ramos, Thais A. R.;Urquiza-Zurich, Sebastian;Kim, Soo Young;Gillette, Thomas G.;Hill, Joseph A.;Lavandero, Sergio;do Rego, Thais G.;Maracaja-Coutinho, Vinicius
长非编码RNA (lncRNA) 包含哺乳动物基因组中最具代表性的转录单位。它们与器官发育有关，而器官发育又与心血管疾病的出现有关。我们使用生物信息学方法、机器学习算法、系统生物学分析和统计技术来定义与心脏发育和心血管疾病相关的共表达模块。我们还发现了心肌细胞亚群中差异表达的转录本。最后，通过这项工作，我们能够识别出八种心肌细胞类型；几个新的编码、lncRNA 和 pcRNA 标记；在四个不同时间点（心室 E9.5、左心室 E11.5、右心室 E14.5 和左心房 P0）的两个心肌细胞亚群，它们含有富含线粒体、心脏发育和心血管疾病的共表达基因模块。我们的结果证明了特定 lncRNA 在心脏发育中的作用，并强调了共表达模块方法在细胞类型功能定义中的使用。
Long non-coding RNAs (lncRNAs) comprise the most representative transcriptional units of the mammalian genome. They are associated with organ development linked with the emergence of cardiovascular diseases. We used bioinformatic approaches, machine learning algorithms, systems biology analyses, and statistical techniques to define co-expression modules linked to heart development and cardiovascular diseases. We also uncovered differentially expressed transcripts in subpopulations of cardiomyocytes. Finally, from this work, we were able to identify eight cardiac cell-types; several new coding, lncRNA, and pcRNA markers; two cardiomyocyte subpopulations at four different time points (ventricle E9.5, left ventricle E11.5, right ventricle E14.5 and left atrium P0) that harbored co-expressed gene modules enriched in mitochondrial, heart development and cardiovascular diseases. Our results evidence the role of particular lncRNAs in heart development and highlight the usage of co-expression modular approaches in the cell-type functional definition.
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影响因子：
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作者：
DeLaughter, Daniel M.;Bick, Alexander G.;Wakimoto, Hiroko;McKean, David;Gorham, Joshua M.;Kathiriya, Irian S.;Hinson, John T.;Homsy, Jason;Gray, Jesse;Pu, William;Bruneau, Benoit G.;Seidman, J. G.;Seidman, Christine E.
通讯作者：
Seidman, Christine E.
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作者：
Farrell ET;Grimes AC;de Lange WJ;Armstrong AE;Ralphe JC
通讯作者：
Ralphe JC
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作者：
Han, Xue;Zhang, Jiejie;Shen, Xiaohua
通讯作者：
Shen, Xiaohua
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Schroen B
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Tallquist, Michelle D.