The SLiMDisc server: short, linear motif discovery in proteins.
The SLiMDisc server: short, linear motif discovery in proteins.
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DOI：
10.1093/nar/gkm400
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发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Shields DC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Davey NE;Edwards RJ;Shields DC
短的线性基序（SLiMs）在许多生物过程中发挥着关键作用，特别是在蛋白质-蛋白质相互作用中。具有共同属性（如相似的亚细胞位置或共享的相互作用伙伴）的蛋白质中基序的聚合出现的过度表示提供了一种可行的方法来计算发现新的出现。SLiMDisc (Short, Linear Motif Discovery) web服务器在描述共享Motif时纠正了共同祖先，专注于趋同进化的Motif。服务器返回在未屏蔽区域中发现的最有趣的图案列表，并根据基于信息内容的评分方案进行排名。它允许根据各种标准进行交互式输入屏蔽。评分允许通过BLAST局部对齐处理数据集中的进化关系。除了这个排名列表，结果的可视化提高了对所建议的主题上下文的理解，有助于识别真正感兴趣的主题。这些可视化包括基序出现的排列，基序及其同源物的排列以及排名靠前的基序的视觉示意图。用于过滤和/或重新排列图案的附加选项进一步允许用户关注具有所需属性的图案。返回的motif也可以与文献中已知的slim进行比较。SLiMDisc网站：http://bioware.ucd.ie/~slimdisc/。
Short, linear motifs (SLiMs) play a critical role in many biological processes, particularly in protein–protein interactions. Overrepresentation of convergent occurrences of motifs in proteins with a common attribute (such as similar subcellular location or a shared interaction partner) provides a feasible means to discover novel occurrences computationally. The SLiMDisc (Short, Linear Motif Discovery) web server corrects for common ancestry in describing shared motifs, concentrating on the convergently evolved motifs. The server returns a listing of the most interesting motifs found within unmasked regions, ranked according to an information content-based scoring scheme. It allows interactive input masking, according to various criteria. Scoring allows for evolutionary relationships in the data sets through treatment of BLAST local alignments. Alongside this ranked list, visualizations of the results improve understanding of the context of suggested motifs, helping to identify true motifs of interest. These visualizations include alignments of motif occurrences, alignments of motifs and their homologues and a visual schematic of the top-ranked motifs. Additional options for filtering and/or re-ranking motifs further permit the user to focus on motifs with desired attributes. Returned motifs can also be compared with known SLiMs from the literature. SLiMDisc is available at: http://bioware.ucd.ie/~slimdisc/.
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Davey NE;Shields DC;Edwards RJ
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