Cell Compartment-Specific Folding of Ty1 Long Terminal Repeat Retrotransposon RNA Genome.
Cell Compartment-Specific Folding of Ty1 Long Terminal Repeat Retrotransposon RNA Genome.
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DOI：
10.3390/v14092007
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发表时间：
2022-09-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Pachulska-Wieczorek K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zawadzka M;Andrzejewska-Romanowska A;Gumna J;Garfinkel DJ;Pachulska-Wieczorek K
RNA在运输过程中经历的结构转变还不清楚。在这里，我们使用成熟的酵母Ty 1逆转录转座子来提供来自逆转录病毒样转座子的细胞核中基因组（g）RNA的第一个结构模型。通过详细比较细胞核Ty 1 gRNA结构与细胞质、病毒样颗粒（VLP）和体外合成的Ty 1 gRNA结构，我们检测到逆转录转座过程中发生的Ty 1 gRNA结构改变。全长Tyl gRNA用作Gag和Gag-Pol蛋白的mRNA，并且用作在VLP内逆转录的基因组。我们发现，约60%的预测为核Ty 1 gRNA的碱基对出现在细胞质中，主动翻译并不能解释这种结构差异。大多数共享碱基对由短程相互作用表示，而长距离配对似乎是每个隔室所独有的。高度结构化的基序倾向于在Tyl gRNA的核输出后被保留。此外，我们的研究强调了Ty 1 Gag在介导逆转录转座所需的关键RNA-RNA相互作用中的重要作用。
The structural transitions RNAs undergo during trafficking are not well understood. Here, we used the well-developed yeast Ty1 retrotransposon to provide the first structural model of genome (g) RNA in the nucleus from a retrovirus-like transposon. Through a detailed comparison of nuclear Ty1 gRNA structure with those established in the cytoplasm, virus-like particles (VLPs), and those synthesized in vitro, we detected Ty1 gRNA structural alterations that occur during retrotransposition. Full-length Ty1 gRNA serves as the mRNA for Gag and Gag-Pol proteins and as the genome that is reverse transcribed within VLPs. We show that about 60% of base pairs predicted for the nuclear Ty1 gRNA appear in the cytoplasm, and active translation does not account for such structural differences. Most of the shared base pairs are represented by short-range interactions, whereas the long-distance pairings seem unique for each compartment. Highly structured motifs tend to be preserved after nuclear export of Ty1 gRNA. In addition, our study highlights the important role of Ty1 Gag in mediating critical RNA–RNA interactions required for retrotransposition.
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影响因子：
5.3
作者：
Friant, S;Heyman, T;Wilhelm, FX
通讯作者：
Wilhelm, FX
影响因子：
0.8
作者：
Chen J;McQueary H;Hall DW;Philippsen P;Garfinkel DJ;Bergman CM
通讯作者：
Bergman CM
影响因子：
16
作者：
Huston NC;Wan H;Strine MS;de Cesaris Araujo Tavares R;Wilen CB;Pyle AM
通讯作者：
Pyle AM
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
4.8
作者：
Cristofari, G;Ficheux, D;Darlix, JL
通讯作者：
Darlix, JL