Giotto: a toolbox for integrative analysis and visualization of spatial expression data.
Giotto: a toolbox for integrative analysis and visualization of spatial expression data.
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DOI：
10.1186/s13059-021-02286-2
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发表时间：
2021-03-08
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Yuan GC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dries R;Zhu Q;Dong R;Eng CL;Li H;Liu K;Fu Y;Zhao T;Sarkar A;Bao F;George RE;Pierson N;Cai L;Yuan GC
空间转录组学和蛋白质组学技术为研究细胞在其天然微环境中的作用提供了新的机会。在这里，我们介绍了Giotto，一个用于空间数据分析和可视化的全面的开源工具箱。分析模块通过实施用于表征组织组成、空间表达模式和细胞相互作用的广泛算法来提供端到端分析。此外，单细胞RNAseq数据可以整合用于空间细胞类型富集分析。可视化模块允许用户交互式地可视化分析输出和成像特征。为了证明其普遍适用性，我们将Giotto应用于涵盖各种技术和平台的广泛数据集。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s13059-021-02286-2获得。
Spatial transcriptomic and proteomic technologies have provided new opportunities to investigate cells in their native microenvironment. Here we present Giotto, a comprehensive and open-source toolbox for spatial data analysis and visualization. The analysis module provides end-to-end analysis by implementing a wide range of algorithms for characterizing tissue composition, spatial expression patterns, and cellular interactions. Furthermore, single-cell RNAseq data can be integrated for spatial cell-type enrichment analysis. The visualization module allows users to interactively visualize analysis outputs and imaging features. To demonstrate its general applicability, we apply Giotto to a wide range of datasets encompassing diverse technologies and platforms. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-021-02286-2.
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下丘脑前区域的分子，空间和功能性单细胞分析。
DOI：
10.1126/science.aau5324
发表时间：
2018-11-16
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Moffitt JR;Bambah-Mukku D;Eichhorn SW;Vaughn E;Shekhar K;Perez JD;Rubinstein ND;Hao J;Regev A;Dulac C;Zhuang X
通讯作者：
Zhuang X
影响因子：
64.5
作者：
Goltsev Y;Samusik N;Kennedy-Darling J;Bhate S;Hale M;Vazquez G;Black S;Nolan GP
通讯作者：
Nolan GP
影响因子：
46.9
作者：
Becht, Etienne;McInnes, Leland;Newell, Evan W.
通讯作者：
Newell, Evan W.
影响因子：
64.5
作者：
Liu Y;Yang M;Deng Y;Su G;Enninful A;Guo CC;Tebaldi T;Zhang D;Kim D;Bai Z;Norris E;Pan A;Li J;Xiao Y;Halene S;Fan R
通讯作者：
Fan R
影响因子：
64.8
作者：
Nitzan, Mor;Karaiskos, Nikos;Rajewsky, Nikolaus
通讯作者：
Rajewsky, Nikolaus