Harmonizing model organism data in the Alliance of Genome Resources.
Harmonizing model organism data in the Alliance of Genome Resources.
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DOI：
10.1093/genetics/iyac022
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发表时间：
2022-04-04
期刊：
影响因子：
3.3
通讯作者：
Alliance of Genome Resources Consortium
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Alliance of Genome Resources Consortium
基因组资源联盟（Alliance of Genome Resources）是7个知识库项目的联合努力：酵母基因组数据库、WormBase、FlyBase、小鼠基因组数据库、斑马鱼信息网络、大鼠基因组数据库和基因本体资源。该联盟旨在提供几个好处：为这些项目所服务的各个社区提供更好的服务;为所有生物医学研究人员，生物信息学家，临床医生和学生提供统一的数据视图;以及更可持续的基础设施。该联盟协调了跨生物体数据，以提供基因功能、基因表达和人类疾病相关性的有用比较观点。比较观点的基础是对正字法关系的共同调用和共同本体的使用。数据的关键类型是等位基因和变体，基于基因本体论注释的基因功能，表型，与人类疾病的关联，基因表达，蛋白质-蛋白质和遗传相互作用，以及参与途径。这些信息被呈现在统一的基因页面上，允许简单地总结所涵盖的7种生物体（芽殖酵母、线虫、果蝇、家鼠、斑马鱼、褐鼠和人类）中每个基因的信息。统一的知识可以在alliancegenome.org门户网站上免费获得，可以下载文件，也可以通过API获得。我们希望其他现有的和新兴的知识库加入努力，提供有用的数据和功能，每个知识库目前提供的联盟。
The Alliance of Genome Resources (the Alliance) is a combined effort of 7 knowledgebase projects: Saccharomyces Genome Database, WormBase, FlyBase, Mouse Genome Database, the Zebrafish Information Network, Rat Genome Database, and the Gene Ontology Resource. The Alliance seeks to provide several benefits: better service to the various communities served by these projects; a harmonized view of data for all biomedical researchers, bioinformaticians, clinicians, and students; and a more sustainable infrastructure. The Alliance has harmonized cross-organism data to provide useful comparative views of gene function, gene expression, and human disease relevance. The basis of the comparative views is shared calls of orthology relationships and the use of common ontologies. The key types of data are alleles and variants, gene function based on gene ontology annotations, phenotypes, association to human disease, gene expression, protein–protein and genetic interactions, and participation in pathways. The information is presented on uniform gene pages that allow facile summarization of information about each gene in each of the 7 organisms covered (budding yeast, roundworm Caenorhabditis elegans, fruit fly, house mouse, zebrafish, brown rat, and human). The harmonized knowledge is freely available on the alliancegenome.org portal, as downloadable files, and by APIs. We expect other existing and emerging knowledge bases to join in the effort to provide the union of useful data and features that each knowledge base currently provides.
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影响因子：
14.9
作者：
Gene Ontology Consortium
通讯作者：
Gene Ontology Consortium
影响因子：
12.3
作者：
Buels R;Yao E;Diesh CM;Hayes RD;Munoz-Torres M;Helt G;Goodstein DM;Elsik CG;Lewis SE;Stein L;Holmes IH
通讯作者：
Holmes IH
影响因子：
3
作者：
Van Auken K;Jaffery J;Chan J;Müller HM;Sternberg PW
通讯作者：
Sternberg PW
DOI：
10.1093/database/baaa006
发表时间：
2020-03-17
影响因子：
5.8
作者：
Arnaboldi, Valerio;Raciti, Daniela;Sternberg, Paul W.
通讯作者：
Sternberg, Paul W.
影响因子：
1.9
作者：
Costa M;Reeve S;Grumbling G;Osumi-Sutherland D
通讯作者：
Osumi-Sutherland D