Conformational analysis of nucleic acids revisited: Curves+.
Conformational analysis of nucleic acids revisited: Curves+.
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DOI：
10.1093/nar/gkp608
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发表时间：
2009-09
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zakrzewska K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lavery R;Moakher M;Maddocks JH;Petkeviciute D;Zakrzewska K
我们描述了Curves+，一个新的核酸构象分析程序，它适用于广泛的核酸结构，包括那些多达四链的核酸结构，无论是典型的或修饰的碱基和主干。该程序在算法上更简单，计算速度比早期的曲线方法快得多，尽管它仍然提供螺旋和主干参数，包括曲线轴和与该轴相关的碱基位置参数。它还提供了凹槽宽度和深度的全面分析。Curves+也可以用来分析分子动力学轨迹。在附带的程序Canal的帮助下，可以生成各种图形输出，包括沿着给定结构和动态过程中参数变化的时间序列或直方图的参数变化。
We describe Curves+, a new nucleic acid conformational analysis program which is applicable to a wide range of nucleic acid structures, including those with up to four strands and with either canonical or modified bases and backbones. The program is algorithmically simpler and computationally much faster than the earlier Curves approach, although it still provides both helical and backbone parameters, including a curvilinear axis and parameters relating the position of the bases to this axis. It additionally provides a full analysis of groove widths and depths. Curves+ can also be used to analyse molecular dynamics trajectories. With the help of the accompanying program Canal, it is possible to produce a variety of graphical output including parameter variations along a given structure and time series or histograms of parameter variations during dynamics.
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影响因子：
14.9
作者：
DICKERSON, RE
通讯作者：
DICKERSON, RE
DOI：
10.1111/j.1432-1033.1989.tb14724.x
发表时间：
1989-05-01
期刊：
EUROPEAN JOURNAL OF BIOCHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
FREDERICK, CA;QUIGLEY, GJ;WANG, AHJ
通讯作者：
WANG, AHJ
影响因子：
5.6
作者：
LESLIE, AGW;ARNOTT, S;RATLIFF, RL
通讯作者：
RATLIFF, RL
影响因子：
56.9
作者：
Cluzel, P;Lebrun, A;Caron, F
通讯作者：
Caron, F
影响因子：
14.9
作者：
Harris, Sarah A.;Laughton, Charles A.;Liverpool, Tanniemola B.
通讯作者：
Liverpool, Tanniemola B.