Vector analysis as a fast and easy method to compare gene expression responses between different experimental backgrounds.
Vector analysis as a fast and easy method to compare gene expression responses between different experimental backgrounds.
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向量分析是一种快速简便的方法，可以比较不同实验背景之间的基因表达反应。
DOI：
10.1186/1471-2105-6-181
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发表时间：
2005-07-19
影响因子：
3
通讯作者：
Amtmann, A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Breitling, R;Armengaud, P;Amtmann, A
基因表达研究越来越多地比较不同实验背景（遗传、生理或系统发育）的表达反应。通过关注动态反应而不是直接比较静态表达水平，这种类型的研究可以更好地解剖不同背景下的主要和次要调节效应。通常，这类实验的结果以维恩图的形式呈现，这种形式直观，视觉上很吸引人，但缺乏统计基础。在这里，我们介绍向量分析（VA）作为一种简单但有原则的方法来比较不同实验背景下的表达反应。VA使基因自动分配到反应原型，并提供统计显著性估计，以消除虚假的反应模式。将VA应用于真实数据集，比较野生型和突变型拟南芥植物的营养饥饿反应，结果表明数据中存在一致的表达行为模式，并且该算法可以可靠地检测到这些模式。载体分析是一种灵活、易于使用的技术，可以比较不同实验背景下的基因表达模式。它优于经典的维恩图方法，可以使用电子表格（如Excel）手动实现，也可以使用提供的软件自动实现。
Gene expression studies increasingly compare expression responses between different experimental backgrounds (genetic, physiological, or phylogenetic). By focusing on dynamic responses rather than a direct comparison of static expression levels, this type of study allows a finer dissection of primary and secondary regulatory effects in the various backgrounds. Usually, results of such experiments are presented in the form of Venn diagrams, which are intuitive and visually appealing, but lack a statistical foundation. Here we introduce Vector Analysis (VA) as a simple, yet principled, approach to comparing expression responses in different experimental backgrounds. VA enables the automatic assignment of genes to response prototypes and provides statistical significance estimates to eliminate spurious response patterns. The application of VA to a real dataset, comparing nutrient starvation responses in wild type and mutant Arabidopsis plants, reveals that consistent patterns of expression behavior are present in the data and are reliably detected by the algorithm. Vector analysis is a flexible, easy-to-use technique to compare gene expression patterns in different experimental backgrounds. It compares favorably with the classical Venn diagram approach and can be implemented manually using spreadsheets, such as Excel, or automatically by using the supplied software.
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