PeroxisomeDB 2.0: an integrative view of the global peroxisomal metabolome.
PeroxisomeDB 2.0: an integrative view of the global peroxisomal metabolome.
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DOI：
10.1093/nar/gkp935
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Pujol A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schlüter A;Real-Chicharro A;Gabaldón T;Sánchez-Jiménez F;Pujol A
过氧酶体是氧化还原信号和脂质稳态中起关键作用的重要细胞器。它们在不同物种中包含一个高度多样化的酶网络，反映了生物体不同的代谢需求。之前的PeroxisomeDB版本基于遗传和功能信息将人类和酿酒酵母的过氧酶体蛋白质组组织成代谢类别，特别关注过氧酶体疾病。新发布的(http://www.peroxisomeDB.org))增加了来自35个新测序的真核生物基因组的过氧化物体蛋白，包括真菌、酵母、植物和低等真核生物。我们在这些基因组中搜索了139个过氧化物体蛋白家族的核心集合，鉴定出2706个可能的过氧化物体蛋白同源物。大约37%的已鉴定同源物含有推测的过氧化物体靶向信号(PTS)。为了帮助理解过氧酶体蛋白质之间的进化关系，新的数据库包括2386种过氧酶体蛋白质的系统发育树。还提供了其他新功能，如从布伦达、Chebi和Sabio-RK数据库获取动态信息的工具以及1400多个选定的书目参考文献。PeroxisomeDB 2.0是一个免费提供的、高度交互的功能基因组学平台，它提供了跨谱系的过氧化物体代谢体的广泛视图，从而促进了细胞器的比较基因组学和系统分析。
Peroxisomes are essential organelles that play a key role in redox signalling and lipid homeostasis. They contain a highly diverse enzymatic network among different species, mirroring the varied metabolic needs of the organisms. The previous PeroxisomeDB version organized the peroxisomal proteome of humans and Saccharomyces cerevisiae based on genetic and functional information into metabolic categories with a special focus on peroxisomal disease. The new release (http://www.peroxisomeDB.org) adds peroxisomal proteins from 35 newly sequenced eukaryotic genomes including fungi, yeasts, plants and lower eukaryotes. We searched these genomes for a core ensemble of 139 peroxisomal protein families and identified 2706 putative peroxisomal protein homologs. Approximately 37% of the identified homologs contained putative peroxisome targeting signals (PTS). To help develop understanding of the evolutionary relationships among peroxisomal proteins, the new database includes phylogenetic trees for 2386 of the peroxisomal proteins. Additional new features are provided, such as a tool to capture kinetic information from Brenda, CheBI and Sabio-RK databases and more than 1400 selected bibliographic references. PeroxisomeDB 2.0 is a freely available, highly interactive functional genomics platform that offers an extensive view on the peroxisomal metabolome across lineages, thus facilitating comparative genomics and systems analysis of the organelle.
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DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
影响因子：
6
作者：
Bonekamp, Nina A.;Voelkl, Alfred;Schrader, Michael
通讯作者：
Schrader, Michael
影响因子：
5.6
作者：
KROGH, A;BROWN, M;HAUSSLER, D
通讯作者：
HAUSSLER, D
DOI：
10.1111/j.1432-1033.1989.tb14898.x
发表时间：
1989-07-15
期刊：
EUROPEAN JOURNAL OF BIOCHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
ANTONENKOV, VD
通讯作者：
ANTONENKOV, VD
影响因子：
5.5
作者：
Gabaldon, Toni;Snel, Berend;van Zimmeren, Frank;Hemrika, Wieger;Tabak, Henk;Huynen, Martijn A.
通讯作者：
Huynen, Martijn A.