Rates of transposition in Escherichia coli.
Rates of transposition in Escherichia coli.
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DOI：
10.1098/rsbl.2013.0838
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.3
通讯作者：
Gordo I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sousa A;Bourgard C;Wahl LM;Gordo I
转座因子（TEs）的进化作用仍然存在很大争议。两个关键参数，转座率（u和w，复制和非复制转座）和切除率（e）是理解它们在种群中进化和维持的基础。我们用突变累积（MA）实验估计了大肠杆菌中六个TE家族（包括八个成员：IS 1、IS 2、IS 3、IS 4、IS 5、IS 30、IS 150和IS 186）的u、w和e。在这个实验中，突变基本上以它们出现的速度积累，在80 500代（1610代× 50系）的时期内，可以检测到自发的转座事件。这与其他实验不同，在其他实验中，插入在强选择压力下或在有限的基因组靶上积累。因此，我们提供了新的估计自发率的换位和切除E。杆菌我们在50个MA系中观察到25次转座和3次切除事件，导致总体速率估计为u = 1.15 × 10-5，w = 4 × 10 - 8和e = 1.08 × 10 - 6（每个元件，每个世代）。此外，广泛的变化元素之间被发现，与以前的知识的机制和调节不同的元素转座。
The evolutionary role of transposable elements (TEs) is still highly controversial. Two key parameters, the transposition rate (u and w, for replicative and non-replicative transposition) and the excision rate (e) are fundamental to understanding their evolution and maintenance in populations. We have estimated u, w and e for six families of TEs (including eight members: IS1, IS2, IS3, IS4, IS5, IS30, IS150 and IS186) in Escherichia coli, using a mutation accumulation (MA) experiment. In this experiment, mutations accumulate essentially at the rate at which they appear, during a period of 80 500 (1610 generations × 50 lines) generations, and spontaneous transposition events can be detected. This differs from other experiments in which insertions accumulated under strong selective pressure or over a limited genomic target. We therefore provide new estimates for the spontaneous rates of transposition and excision in E. coli. We observed 25 transposition and three excision events in 50 MA lines, leading to overall rate estimates of u ∼ 1.15 × 10–5, w ∼ 4 × 10−8 and e ∼ 1.08 × 10−6 (per element, per generation). Furthermore, extensive variation between elements was found, consistent with previous knowledge of the mechanisms and regulation of transposition for the different elements.
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