Multistrand RNA secondary structure prediction and nanostructure design including pseudoknots.
Multistrand RNA secondary structure prediction and nanostructure design including pseudoknots.
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DOI：
10.1021/nn202666w
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发表时间：
2011-12-27
期刊：
影响因子：
17.1
通讯作者：
Shapiro BA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bindewald E;Afonin K;Jaeger L;Shapiro BA
我们提出了NanoFolder，一种预测潜在的假打结多链RNA纳米结构的碱基配对的方法。我们表明，该方法优于其他几种结构预测方法时，适用于非嵌套碱基对的RNA复合物。我们扩展了这种二级结构预测能力，使RNA序列设计。使用非变性PAGE，我们通过实验证实，对应于三角形RNA结构的4条计算机设计的RNA链形成了预期的稳定复合物。
We are presenting NanoFolder, a method for the prediction of the base pairing of potentially pseudoknotted multi-strand RNA nanostructures. We show that the method outperforms several other structure prediction methods when applied to RNA complexes with non-nested base pairs. We extended this secondary structure prediction capability to allow RNA sequence design. Using native PAGE, we experimentally confirm that 4 in silico designed RNA strands corresponding to a triangular RNA structure form the expected stable complex.
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