The S. pombe mitochondrial transcriptome.
The S. pombe mitochondrial transcriptome.
复制标题
粟酒裂殖酵母线粒体转录组
DOI：
10.1261/rna.064477.117
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发表时间：
2018-09
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Huang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shang J;Yang Y;Wu L;Zou M;Huang Y
线粒体基因表达主要通过转录后过程控制，包括线粒体 RNA (mt-RNA) 加工、修饰、衰减和质量控制。线粒体基因表达缺陷会导致线粒体氧化磷酸化 (OXPHOS) 缺陷，并与人类疾病有关。为了充分了解线粒体转录和 RNA 加工，我们对裂殖酵母裂殖酵母的 mt-RNA 进行了 RNA 测序分析。 RNA-seq 分析表明 mt-RNA 的丰度差异很大。数据分析还揭示了 mt-RNA 加工位点，包括线粒体 tRNA (mt-tRNA) 5' 端加工酶 RNase P 发生的异常 RNA 切割事件。此外，该分析揭示了以前未知的线粒体转录物，包括 rnpB 衍生片段、线粒体小 RNA (mitosRNA)，例如 mt-tRNA 衍生片段 (mt-tRF) 和 mt-tRNA 半部，以及用粟酒裂殖酵母中的 3′-CCACCA/CCACC。最后，RNA-seq 揭示，编码粟酒裂殖酵母线粒体 tRNA 3' 末端加工酶的 trz2 失活会全局损害 mt-tRNA 3' 末端加工，抑制 mt-mRNA 5' 末端加工，并导致未加工转录本的积累，证明使用 RNA-seq 检查已知或预测参与粟酒裂殖酵母 mt-RNA 加工的蛋白质的可行性。我们的工作揭示了真菌线粒体转录组的复杂性，并为未来使用粟酒裂殖酵母作为模型系统研究线粒体基因表达提供了框架。
Mitochondrial gene expression is largely controlled through post-transcriptional processes including mitochondrial RNA (mt-RNA) processing, modification, decay, and quality control. Defective mitochondrial gene expression results in mitochondrial oxidative phosphorylation (OXPHOS) deficiency and has been implicated in human disease. To fully understand mitochondrial transcription and RNA processing, we performed RNA-seq analyses of mt-RNAs from the fission yeast Schizosaccharomyces pombe. RNA-seq analyses show that the abundance of mt-RNAs vary greatly. Analysis of data also reveals mt-RNA processing sites including an unusual RNA cleavage event by mitochondrial tRNA (mt-tRNA) 5′-end processing enzyme RNase P. Additionally, this analysis reveals previously unknown mitochondrial transcripts including the rnpB-derived fragment, mitochondrial small RNAs (mitosRNAs) such as mt-tRNA-derived fragments (mt-tRFs) and mt-tRNA halves, and mt-tRNAs marked with 3′-CCACCA/CCACC in S. pombe. Finally, RNA-seq reveals that inactivation of trz2 encoding S. pombe mitochondrial tRNA 3′-end processing enzyme globally impairs mt-tRNA 3′-end processing, inhibits mt-mRNA 5′-end processing, and causes accumulation of unprocessed transcripts, demonstrating the feasibility of using RNA-seq to examine the protein known or predicted to be involved in mt-RNA processing in S. pombe. Our work uncovers the complexity of a fungal mitochondrial transcriptome and provides a framework for future studies of mitochondrial gene expression using S. pombe as a model system.
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影响因子：
4.1
作者：
Howard, Michael J.;Liu, Xin;Engelke, David R.
通讯作者：
Engelke, David R.
影响因子：
16.8
作者：
de la Sierra-Gallay, IL;Mathy, N;Condon, C
通讯作者：
Condon, C
DOI：
10.1073/pnas.0910961107
发表时间：
2010-01-12
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作者：
Abad, Maria G.;Rao, Bhalchandra S.;Jackman, Jane E.
通讯作者：
Jackman, Jane E.
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10.5
作者：
Gutmann, Bernard;Gobert, Anthony;Giege, Philippe
通讯作者：
Giege, Philippe
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作者：
Jourdain AA;Koppen M;Wydro M;Rodley CD;Lightowlers RN;Chrzanowska-Lightowlers ZM;Martinou JC
通讯作者：
Martinou JC