An electrostatic spatial resonance model for coaxial helical structures with applications to the filamentous bacteriophages.
An electrostatic spatial resonance model for coaxial helical structures with applications to the filamentous bacteriophages.
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同轴螺旋结构的静电空间共振模型及其在丝状噬菌体中的应用。
DOI：
10.1016/s0006-3495(94)80706-4
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发表时间：
1994
影响因子：
3.4
通讯作者：
Day,LA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Marzec,CJ;Day,LA
提出了一个模型，处理对称匹配问题的结构，由两个相互作用的同轴螺旋点电荷。电荷是介导螺旋之间的非特异性吸引相互作用的势场的来源。该问题在傅立叶空间中表示，这提供了最大的通用性。结果发现，最佳匹配的对称性的同轴螺旋可以锁定到空间共振配置，最大限度地提高他们的相互作用。共振被表示为离散三维空间中的矢量。给出了两螺旋线共振时四个对称参数的两个代数关系式。考虑了单头内螺旋与同轴单头或NR头外螺旋的相互作用。应用于丝状噬菌体Ff、Pf1、Xf和Pf3。线性化的泊松-玻尔兹曼方程给出的相互作用计算在这种形式主义，允许不同的共振结构的相互作用的静电自由能的比较。实验核苷酸/亚基的比例占，和模型的DNA-蛋白质界面，特别强调Pf1。
A model is presented that treats the symmetry matching problem in structures made of two interacting coaxial helices of point charges. The charges are sources of a potential field that mediates a non-specific attractive interaction between the helices. The problem is represented in Fourier space, which affords the most generality. It is found that coaxial helices with optimally mated symmetries can lock into spatial resonance configurations that maximize their interaction. The resonances are represented as vectors in a discrete three-dimensional space. Two algebraic relations are given for the four symmetry parameters of two helices in resonance. One-start inner helices interacting with coaxial one-start or NR-start outer helices are considered. Applications are made to the filamentous bacteriophages Ff, Pf1, Xf, and Pf3. The interaction given by the linearized Poisson-Boltzmann equation is calculated in this formalism to allow comparison of the electrostatic free energy of interaction of different resonance structures. Experimental nucleotide/subunit ratios are accounted for, and models for the DNA-protein interfaces are presented, with particular emphasis on Pf1.
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丝状噬菌体 Pf1 的轴向重复有 27 个亚基
DOI：
10.1101/087969122.8.627
发表时间：
1978
期刊：
Cold Spring Harbor Monograph Archive
影响因子：
--
作者：
L. Makowski;D. Caspar
通讯作者：
D. Caspar
影响因子：
5.6
作者：
E. Wachtel;R. Wiseman;W. Pigram;D. Marvin
通讯作者：
D. Marvin
影响因子：
5.6
作者：
D. Marvin;R. Wiseman;E. Wachtel
通讯作者：
E. Wachtel
丝状病毒 fd、If1、IKE、Xf、Pf1 和 Pf3 中脱氧核糖核酸结构的银和汞探测。
影响因子：
2.9
作者：
Casadevall,A;Day,LA
通讯作者：
Day,LA
DOI：
10.1107/s0365110x58000517
发表时间：
1958-01-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA
影响因子：
--
作者：
KLUG, A;CRICK, FHC;WYCKOFF, HW
通讯作者：
WYCKOFF, HW