Characterization of the complete chloroplast genome sequence of Camellia oleifera in Hainan, China.
Characterization of the complete chloroplast genome sequence of Camellia oleifera in Hainan, China.
复制标题
DOI：
10.1080/23802359.2017.1407687
复制
发表时间：
2017-11-26
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Xu Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang W;Zhao Y;Yang G;Tang Y;Xu Z
油茶（Camellia oleifera）是一种具有较高药用价值和生态价值的常绿小乔木或灌木，主要分布在中国的亚热带山区。本研究报道了海南油茶的叶绿体全基因组。结果表明，全基因组长度为156,996 bp，包括一对倒置重复序列（IRs）为26,025 bp，大单拷贝区（LSC）为86,649 bp，小单拷贝区（SSC）为18,297 bp。该基因组共包含115个不同的基因，包括81个蛋白质编码基因，30个tRNA基因和4个rRNA基因。在这些基因中，8个基因含有一个内含子，2个基因含有两个内含子。油茶总GC含量为37.29%。基于21个叶绿体基因组的最大似然系统发育分析表明，油茶与丹再茶树具有相似性。
Camellia oleifera, an evergreen small tree or shrub with high medicinal and ecological values, is mainly distributed in subtropical montane regions of China. In this study, complete chloroplast genome was reported for Camellia oleifera in Hainan, China. The results showed that the whole genome was 156,996 bp in length, including a pair of inverted repeats (IRs) of 26,025 bp, a large single copy (LSC) region of 86,649 bp and a small single copy (SSC) region of 18,297 bp. The genome contained a total of 115 different genes, including 81 protein-coding genes, 30 tRNA genes, and four rRNA genes. Among these genes, eight genes contain a single intron and two genes contain two introns. The total GC content of Camellia oleifera was 37.29%. The maximum likelihood phylogenetic analysis based on 21 chloroplast genomes showed that Camellia oleifera was similar to Camellia danzaiensis.
登录
查看更多内容
影响因子：
2.5
作者：
Lohse, Marc;Drechsel, Oliver;Bock, Ralph
通讯作者：
Bock, Ralph
影响因子：
5.8
作者：
Wyman, SK;Jansen, RK;Boore, JL
通讯作者：
Boore, JL
影响因子：
10.7
作者：
Kumar, Sudhir;Stecher, Glen;Tamura, Koichiro
通讯作者：
Tamura, Koichiro
高通量测序确定的13个茶花叶绿体基因组序列：基因组结构和系统发育关系
影响因子：
3.4
作者：
Huang H;Shi C;Liu Y;Mao SY;Gao LZ
通讯作者：
Gao LZ
Trimmomatic：用于 Illumina 序列数据的灵活修剪器。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu170
发表时间：
2014-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Bolger AM;Lohse M;Usadel B
通讯作者：
Usadel B