BART: bioinformatics array research tool.
BART: bioinformatics array research tool.
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DOI：
10.1186/s12859-018-2308-x
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发表时间：
2018-08-08
影响因子：
3
通讯作者：
Shokhirev MN
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Amaral ML;Erikson GA;Shokhirev MN
微阵列实验占基因表达综合实验（GEO）所有系列的一半以上。然而，从GEO下载和分析原始或半处理的微阵列数据并不直观，需要手动易错分析和生物信息学背景。这是由于阵列平台制造缺乏标准化以及缺乏用于聚类、绘图、差异表达测试和功能富集测试的简单交互式工具。我们介绍了生物信息学阵列研究工具（BART），这是一个R Shiny Web应用程序，可以在不同的微阵列平台上自动化微阵列下载和分析过程。它提供了一个直观的界面，自动下载和解析来自GEO的数据，建议用于差异表达测试的样本分组，执行批效应校正，输出质量控制图，转换探针ID，生成差异表达基因的完整列表，并执行功能富集分析。我们表明，BART通过将其与四种领先的在线微阵列分析工具进行比较，可以对GEO上更广泛的微阵列数据集进行更全面的分析。BART允许没有生物信息学背景的科学家从他们自己的微阵列数据或GEO提供的微阵列实验中提取知识。BART在更多的微阵列实验中发挥作用，并提供比现有的微阵列分析工具更全面的分析。BART托管在bart.salk.edu上，包括用户教程，并可从https://bitbucket.org/Luisa_amaral/bart下载。
Microarray experiments comprise more than half of all series in the Gene Expression Omnibus (GEO). However, downloading and analyzing raw or semi-processed microarray data from GEO is not intuitive and requires manual error-prone analysis and a bioinformatics background. This is due to a lack of standardization in array platform fabrication as well as the lack of a simple interactive tool for clustering, plotting, differential expression testing, and testing for functional enrichment. We introduce the Bioinformatics Array Research Tool (BART), an R Shiny web application that automates the microarray download and analysis process across diverse microarray platforms. It provides an intuitive interface, automatically downloads and parses data from GEO, suggests groupings of samples for differential expression testing, performs batch effect correction, outputs quality control plots, converts probe IDs, generates full lists of differentially expressed genes, and performs functional enrichment analysis. We show that BART enables a more comprehensive analysis of a wider range of microarray datasets on GEO by comparing it to four leading online microarray analysis tools. BART allows a scientist with no bioinformatics background to extract knowledge from their own microarray data or microarray experiments available from GEO. BART is functional on more microarray experiments and provides more comprehensive analyses than extant microarray analysis tools. BART is hosted on bart.salk.edu, includes a user tutorial, and is available for download from https://bitbucket.org/Luisa_amaral/bart.
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