WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit (WebGestalt): update 2013.
WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit (WebGestalt): update 2013.
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DOI：
10.1093/nar/gkt439
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发表时间：
2013-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhang B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang J;Duncan D;Shi Z;Zhang B
功能丰富分析是解释来自大规模遗传、转录和蛋白质组学研究的基因列表的一项基本任务。WebGestalt(基于Web的基因集分析工具包)自2005年问世以来，已成为该领域流行的软件工具之一。在过去的7年里，WebGestalt的数据持有量大幅增长，以满足不同研究领域的用户的需求。当前版本的WebGestalt支持来自各种数据库和不同技术平台的8种生物和201个基因识别符，使其能够直接用于快速增长的组学社区。同时，通过整合来自中央和公共管理的数据库的功能类别以及计算分析，WebGestalt显著增加了各种生物学背景下的功能类别的覆盖面，包括基因本体论、途径、网络模块、基因-表型关联、基因-疾病关联、基因-药物关联和染色体位置，导致总共78 612个功能类别。最后，在WebGestalt中加入了路径图、层次网络可视化和表现型本体可视化等交互功能，帮助用户更好地理解丰富的结果。可以通过http://www.webgestalt.org或http://bioinfo.vanderbilt.edu/webgestalt/.免费访问WebGestalt
Functional enrichment analysis is an essential task for the interpretation of gene lists derived from large-scale genetic, transcriptomic and proteomic studies. WebGestalt (WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit) has become one of the popular software tools in this field since its publication in 2005. For the last 7 years, WebGestalt data holdings have grown substantially to satisfy the requirements of users from different research areas. The current version of WebGestalt supports 8 organisms and 201 gene identifiers from various databases and different technology platforms, making it directly available to the fast growing omics community. Meanwhile, by integrating functional categories derived from centrally and publicly curated databases as well as computational analyses, WebGestalt has significantly increased the coverage of functional categories in various biological contexts including Gene Ontology, pathway, network module, gene–phenotype association, gene–disease association, gene–drug association and chromosomal location, leading to a total of 78 612 functional categories. Finally, new interactive features, such as pathway map, hierarchical network visualization and phenotype ontology visualization have been added to WebGestalt to help users better understand the enrichment results. WebGestalt can be freely accessed through http://www.webgestalt.org or http://bioinfo.vanderbilt.edu/webgestalt/.
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影响因子：
5.8
作者：
Liberzon, Arthur;Subramanian, Aravind;Mesirov, Jill P.
通讯作者：
Mesirov, Jill P.
影响因子：
14.9
作者：
Kanehisa M;Araki M;Goto S;Hattori M;Hirakawa M;Itoh M;Katayama T;Kawashima S;Okuda S;Tokimatsu T;Yamanishi Y
通讯作者：
Yamanishi Y
影响因子：
12.3
作者：
Smith CL;Goldsmith CA;Eppig JT
通讯作者：
Eppig JT
DOI：
10.1073/pnas.0703740104
发表时间：
2007-09-25
影响因子：
11.1
作者：
Sales-Pardo, Marta;Guimera, Roger;Amaral, Luis A. Nunes
通讯作者：
Amaral, Luis A. Nunes
影响因子：
5.8
作者：
Al-Shahrour, F;Díaz-Uriarte, R;Dopazo, J
通讯作者：
Dopazo, J