ScanRanker: Quality assessment of tandem mass spectra via sequence tagging.
ScanRanker: Quality assessment of tandem mass spectra via sequence tagging.
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DOI：
10.1021/pr200118r
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发表时间：
2011-07-01
影响因子：
4.4
通讯作者：
Tabb, David L.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ma, Ze-Qiang;Chambers, Matthew C.;Ham, Amy-Joan L.;Cheek, Kristin L.;Whitwell, Corbin W.;Aerni, Hans-Rudolf;Schilling, Birgit;Miller, Aaron W.;Caprioli, Richard M.;Tabb, David L.
在鸟枪法蛋白质组学中，通过串联质谱法鉴定蛋白质依赖于生物信息学工具。尽管最近在识别算法方面有所改进，但由于各种原因，大量高质量光谱仍然未被识别。在这里，我们介绍了ScanRanker，一个开源工具，通过序列标记来评估串联质谱的质量，并在来自不同仪器的数据中具有可靠的性能。ScanRanker的上级性能使其不仅能够找到通过数据库搜索逃避识别的未分配的高质量光谱，而且还可以选择用于从头测序和交联分析的光谱。此外，我们证明了ScanRanker分数的分布预测了实验中多个LC-MS/MS运行中可识别光谱的丰富性，并且ScanRanker分数有助于肽分配验证的过程，以增加置信度光谱识别。ScanRanker的源代码和可执行版本可从http://fenchurch.mc.vanderbilt.edu获得。
In shotgun proteomics, protein identification by tandem mass spectrometry relies on bioinformatics tools. Despite recent improvements in identification algorithms, a significant number of high quality spectra remain unidentified for various reasons. Here we present ScanRanker, an open-source tool that evaluates the quality of tandem mass spectra via sequence tagging with reliable performance in data from different instruments. The superior performance of ScanRanker enables it not only to find unassigned high quality spectra that evade identification through database search, but also to select spectra for de novo sequencing and cross-linking analysis. In addition, we demonstrate that the distribution of ScanRanker scores predicts the richness of identifiable spectra among multiple LC-MS/MS runs in an experiment, and ScanRanker scores assist the process of peptide assignment validation to increase confident spectrum identifications. The source code and executable versions of ScanRanker are available from http://fenchurch.mc.vanderbilt.edu.
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影响因子：
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作者：
Xu, M;Geer, LY;Markey, SP
通讯作者：
Markey, SP
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作者：
Purvine, S;Kolker, N;Kolker, E
通讯作者：
Kolker, E
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作者：
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