Molecular Subtyping Resource: a user-friendly tool for rapid biological discovery from transcriptional data.
Molecular Subtyping Resource: a user-friendly tool for rapid biological discovery from transcriptional data.
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DOI：
10.1242/dmm.049257
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发表时间：
2022-03-01
影响因子：
4.3
通讯作者：
Dunne PD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ahmaderaghi B;Amirkhah R;Jackson J;Lannagan TRM;Gilroy K;Malla SB;Redmond KL;Quinn G;McDade SS;ACRCelerate Consortium;Maughan T;Leedham S;Campbell ASD;Sansom OJ;Lawler M;Dunne PD
在过去的十年中，转录数据的产生急剧增加，推动了分析算法的发展，这些算法能够询问支撑分析样品的生物学。然而，这些资源要求用户具有数据处理和分析方面的专业知识，减少了编程技能有限的“湿实验室”用户进行生物发现的机会。虽然存在商业解决方案，但软件访问的成本可能会让学术研究团体望而却步。为了解决这些挑战，我们开发了一个开源且用户友好的数据分析平台，用于对源自人类或小鼠组织的转录数据进行实时生物信息学询问，称为分子亚型资源（MouSR）。这款可通过互联网访问的分析工具使用户能够使用直观的“点击式”界面轻松查询数据，该界面包括一套分子表征选项，包括质量控制、差异基因表达、基因集富集和RNA测序的微环境细胞群分析。MouSR在线工具为用户提供了一个独特的免费选项，可以对转录数据集进行快速转录组分析和全面询问，这是生物发现的主要瓶颈。.总结：我们开发了一个开源和用户友好的数据分析工具，分子亚型资源（MouSR），它使用户能够执行快速转录组分析和全面的询问的信号基础转录数据集，可能促进生物发现。
Generation of transcriptional data has dramatically increased in the past decade, driving the development of analytical algorithms that enable interrogation of the biology underpinning the profiled samples. However, these resources require users to have expertise in data wrangling and analytics, reducing opportunities for biological discovery by ‘wet-lab’ users with a limited programming skillset. Although commercial solutions exist, costs for software access can be prohibitive for academic research groups. To address these challenges, we have developed an open source and user-friendly data analysis platform for on-the-fly bioinformatic interrogation of transcriptional data derived from human or mouse tissue, called Molecular Subtyping Resource (MouSR). This internet-accessible analytical tool, , enables users to easily interrogate their data using an intuitive ‘point-and-click’ interface, which includes a suite of molecular characterisation options including quality control, differential gene expression, gene set enrichment and microenvironmental cell population analyses from RNA sequencing. The MouSR online tool provides a unique freely available option for users to perform rapid transcriptomic analyses and comprehensive interrogation of the signalling underpinning transcriptional datasets, which alleviates a major bottleneck for biological discovery. . Summary: We developed an open source and user-friendly data analysis tool, Molecular Subtyping Resource (MouSR), which enables users to perform rapid transcriptomic analyses and comprehensive interrogation of the signalling underpinning transcriptional datasets, potentially facilitating biological discovery.
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影响因子：
7.3
作者：
Gao J;Aksoy BA;Dogrusoz U;Dresdner G;Gross B;Sumer SO;Sun Y;Jacobsen A;Sinha R;Larsson E;Cerami E;Sander C;Schultz N
通讯作者：
Schultz N
影响因子：
50.3
作者：
Jackstadt, Rene;van Hooff, Sander R.;Sansom, Owen J.
通讯作者：
Sansom, Owen J.
影响因子：
4.6
作者：
Goedhart J;Luijsterburg MS
通讯作者：
Luijsterburg MS
影响因子：
12.3
作者：
Conesa A;Madrigal P;Tarazona S;Gomez-Cabrero D;Cervera A;McPherson A;Szcześniak MW;Gaffney DJ;Elo LL;Zhang X;Mortazavi A
通讯作者：
Mortazavi A
影响因子：
5.8
作者：
Nelson, Jonathan W.;Sklenar, Jiri;Minnier, Jessica
通讯作者：
Minnier, Jessica