PLANdbAffy: probe-level annotation database for Affymetrix expression microarrays.
PLANdbAffy: probe-level annotation database for Affymetrix expression microarrays.
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DOI：
10.1093/nar/gkp969
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Karyagina AS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nurtdinov RN;Vasiliev MO;Ershova AS;Lossev IS;Karyagina AS
标准Affymetrix技术通过测量mRNA与一组25聚体寡核苷酸探针杂交的强度并通过稳健的平均方法总结探针信号强度来评估基因表达。然而，在许多情况下，探针的信号强度与基因表达无关。这可能是由于探针与另一个基因的转录本杂交、探针与内含子的映射、选择性剪接、单核苷酸多态性和其他原因。我们已经开发了一个数据库PLANdbAffy（可在http://affymetrix2.bioinf.fbb.msu.ru获得），其包含来自五个Affy表达微阵列的探针序列与人类基因组的比对结果。我们已经确定了探针匹配的转录编码区在正确的方向。对于每个这样的探针比对区域，我们确定了包含探针序列的mRNA和EST序列。在数据库界面的文本部分，我们总结了覆盖探针比对区域的序列和位于其中的SNP的数据。我们的数据库界面的图形部分被实现为UCSC基因组浏览器的自定义跟踪，允许人们利用UCSC浏览器提供的所有数据。
Standard Affymetrix technology evaluates gene expression by measuring the intensity of mRNA hybridization with a panel of the 25-mer oligonucleotide probes, and summarizing the probe signal intensities by a robust average method. However, in many cases, signal intensity of the probe does not correlate with gene expression. This could be due to the hybridization of the probe to a transcript of another gene, mapping of the probe to an intron, alternative splicing, single nucleotide polymorphisms and other reasons. We have developed a database, PLANdbAffy (available at http://affymetrix2.bioinf.fbb.msu.ru), that contains the results of the alignment of probe sequences from five Affymetrix expression microarrays to the human genome. We have determined the probes matching the transcript-coding regions in the correct orientation. For each such probe alignment region, we determined the mRNA and EST sequences that contain the probe sequence. In the textual part of the database interface we summarize the data on the sequences that cover the probe alignment region and SNPs that are located inside it. The graphical part of our database interface is implemented as custom tracks to the UCSC genome browser that allows one to utilize all the data that are offered by UCSC browser.
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