PDB_TM: selection and membrane localization of transmembrane proteins in the protein data bank.
PDB_TM: selection and membrane localization of transmembrane proteins in the protein data bank.
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DOI：
10.1093/nar/gki002
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发表时间：
2005-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Simon I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tusnády GE;Dosztányi Z;Simon I
PDB_TM是一个已知结构的跨膜蛋白数据库。它的目的是收集所有的跨膜蛋白，存放在蛋白质结构数据库（PDB），并确定其跨膜区域。这些分配基于TMDET算法，该算法仅使用结构信息来定位脂质双层的最可能位置，并区分跨膜蛋白和球状蛋白。将该算法应用于所有PDB条目，并将结果收集在PDB_TM数据库中。通过使用TMDET算法，PDB_TM数据库可以每周自动更新，保持与最新PDB更新同步。PDB_TM数据库可在http://www.enzim.hu/PDB_TM上获得。
PDB_TM is a database for transmembrane proteins with known structures. It aims to collect all transmembrane proteins that are deposited in the protein structure database (PDB) and to determine their membrane-spanning regions. These assignments are based on the TMDET algorithm, which uses only structural information to locate the most likely position of the lipid bilayer and to distinguish between transmembrane and globular proteins. This algorithm was applied to all PDB entries and the results were collected in the PDB_TM database. By using TMDET algorithm, the PDB_TM database can be automatically updated every week, keeping it synchronized with the latest PDB updates. The PDB_TM database is available at http://www.enzim.hu/PDB_TM.
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影响因子：
11.4
作者：
Oomen, CJ;van Ulsen, P;Gros, P
通讯作者：
Gros, P
影响因子：
8
作者：
Wallin, E;von Heijne, G
通讯作者：
von Heijne, G
DOI：
10.1021/ci0001280
发表时间：
2001-03-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Tusnády, GE;Simon, I
通讯作者：
Simon, I
影响因子：
64.8
作者：
Murata, K;Mitsuoka, K;Fujiyoshi, Y
通讯作者：
Fujiyoshi, Y
影响因子：
2.9
作者：
KABSCH, W;SANDER, C
通讯作者：
SANDER, C