Architectures and complex functions of tandem riboswitches.
Architectures and complex functions of tandem riboswitches.
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DOI：
10.1080/15476286.2022.2119017
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发表时间：
2022-01
期刊：
影响因子：
4.1
通讯作者：
Breaker, Ronald R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sherlock, Madeline E.;Higgs, Gadareth;Yu, Diane;Widner, Danielle L.;White, Neil A.;Sudarsan, Narasimhan;Sadeeshkumar, Harini;Perkins, Kevin R.;Arachchilage, Gayan Mirihana;Malkowski, Sarah N.;King, Christopher G.;Harris, Kimberly A.;Gaffield, Glenn;Atilho, Ruben M.;Breaker, Ronald R.
核糖开关结构涉及单个配体与单个RNA适配子结构域的结合，导致普通的剂量-反应曲线，需要大约100倍的配体浓度变化才能覆盖几乎整个基因调控的动态范围。然而，通过串联使用多个核糖开关或适配子结构域，这些配体感应结构可以产生额外的、复杂的基因控制结果。在目前的研究中，我们通过计算搜索细菌中的串联核糖开关结构，以更全面地了解完全由RNA组成的基因控制元件的各种生物和生化功能。细菌利用许多不同的串联同源核糖开关结构来创造更多的“数字”基因控制设备，这些设备在更窄的配体浓度范围内工作。此外，两个异源核糖开关适配子有时被用来创建具有各种类型的遗传输出的两输入布尔逻辑门。这些发现表明，仅基于RNA的分子传感器和开关就可以做出复杂的遗传决定。
Riboswitch architectures that involve the binding of a single ligand to a single RNA aptamer domain result in ordinary dose-response curves that require approximately a 100-fold change in ligand concentration to cover nearly the full dynamic range for gene regulation. However, by using multiple riboswitches or aptamer domains in tandem, these ligand-sensing structures can produce additional, complex gene control outcomes. In the current study, we have computationally searched for tandem riboswitch architectures in bacteria to provide a more complete understanding of the diverse biological and biochemical functions of gene control elements that are made exclusively of RNA. Numerous different arrangements of tandem homologous riboswitch architectures are exploited by bacteria to create more ‘digital’ gene control devices, which operate over a narrower ligand concentration range. Also, two heterologous riboswitch aptamers are sometimes employed to create two-input Boolean logic gates with various types of genetic outputs. These findings illustrate the sophisticated genetic decisions that can be made by using molecular sensors and switches based only on RNA.
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影响因子：
--
作者：
Ames TD;Rodionov DA;Weinberg Z;Breaker RR
通讯作者：
Breaker RR
影响因子：
3.2
作者：
Choudhary, Pallavi K.;Duret, Aurelie;Maillard, Julien
通讯作者：
Maillard, Julien
DOI：
10.1073/pnas.86.18.7054
发表时间：
1989-09-01
影响因子：
11.1
作者：
BENNER, SA;ELLINGTON, AD;TAUER, A
通讯作者：
TAUER, A
影响因子：
4.1
作者：
Brewer KI;Greenlee EB;Higgs G;Yu D;Mirihana Arachchilage G;Chen X;King N;White N;Breaker RR
通讯作者：
Breaker RR
影响因子：
7.2
作者：
Breaker, Ronald R.
通讯作者：
Breaker, Ronald R.