IRESite--a tool for the examination of viral and cellular internal ribosome entry sites.
IRESite--a tool for the examination of viral and cellular internal ribosome entry sites.
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DOI：
10.1093/nar/gkp981
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Pospísek M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mokrejs M;Masek T;Vopálensky V;Hlubucek P;Delbos P;Pospísek M
IRESite（www.iresite.org）提供了许多真核病毒和细胞内部核糖体进入位点（IRES）区域的精心策划的实验证据。在提交时，IRESite储存了超过600条记录。IRESite逐渐发展成为一个强大的工具，提供（i）关于IRES及其实验背景的生物学意义信息（包括IRES二级结构和IRES反式作用因子的注释）以及（ii）对存储的数据库条目的全面总结性评论和定期更新报告的IRES功能的评估。IRESite数据的很大一部分纯粹来自于对现有序列的内部生物信息学分析，通过计算机模拟尝试重复已发表的克隆实验，DNA测序和对收到的质粒DNA的限制性内切酶验证。我们还提出了一个新实现的工具，用于显示RNA二级结构和搜索目前存储在数据库中的结构。补充材料载有已报告的可再生能源系统的最新清单。
The IRESite (http://www.iresite.org) presents carefully curated experimental evidence of many eukaryotic viral and cellular internal ribosome entry site (IRES) regions. At the time of submission, IRESite stored >600 records. The IRESite gradually evolved into a robust tool providing (i) biologically meaningful information regarding the IRESs and their experimental background (including annotation of IRES secondary structures and IRES trans-acting factors) as well as (ii) thorough concluding remarks to stored database entries and regularly updated evaluation of the reported IRES function. A substantial portion of the IRESite data results purely from in-house bioinformatic analyses of currently available sequences, in silico attempts to repeat published cloning experiments, DNA sequencing and restriction endonuclease verification of received plasmid DNA. We also present a newly implemented tool for displaying RNA secondary structures and for searching through the structures currently stored in the database. The supplementary material contains an updated list of reported IRESs.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
DOI：
10.1073/pnas.0710650105
发表时间：
2008-03-25
影响因子：
11.1
作者：
Baranick, Brian T.;Lemp, Nathan A.;Logg, Christopher R.
通讯作者：
Logg, Christopher R.
影响因子：
64.5
作者：
Sonenberg N;Hinnebusch AG
通讯作者：
Hinnebusch AG
影响因子：
64.8
作者：
MACEJAK, DG;SARNOW, P
通讯作者：
SARNOW, P
影响因子：
15.9
作者：
Martínez-Salas E
通讯作者：
Martínez-Salas E