MetaPhinder-Identifying Bacteriophage Sequences in Metagenomic Data Sets.
MetaPhinder-Identifying Bacteriophage Sequences in Metagenomic Data Sets.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0163111
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发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Nielsen M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jurtz VI;Villarroel J;Lund O;Voldby Larsen M;Nielsen M
噬菌体是地球上最丰富的生物实体，但同时由于其基因组大小较小，因此无法解释从大多数环境中分离的遗传物质。它们还表现出巨大的遗传多样性和嵌合基因组，这使得分析和理解它们具有挑战性。在这里，我们提出了MetaPhinder，一种方法来识别组装的基因组片段（即重叠群）的噬菌体来源的宏基因组数据集。该方法基于与全基因组噬菌体序列数据库的比较，将命中整合到多个基因组以适应许多噬菌体的嵌合基因组结构。该方法被证明优于基于单次命中的BLAST方法和基于k-mer比较的方法。MetaPhinder可在基因组流行病学中心（Center for Genomic Epidemiology）https：//cge.cbs.dtu.dk/services/MetaPhinder/作为网络服务获得，而源代码可从https://bitbucket.org/genomicepidemiology/metaphinder或https://github.com/vanessajurtz/MetaPhinder下载。
Bacteriophages are the most abundant biological entity on the planet, but at the same time do not account for much of the genetic material isolated from most environments due to their small genome sizes. They also show great genetic diversity and mosaic genomes making it challenging to analyze and understand them. Here we present MetaPhinder, a method to identify assembled genomic fragments (i.e.contigs) of phage origin in metagenomic data sets. The method is based on a comparison to a database of whole genome bacteriophage sequences, integrating hits to multiple genomes to accomodate for the mosaic genome structure of many bacteriophages. The method is demonstrated to out-perform both BLAST methods based on single hits and methods based on k-mer comparisons. MetaPhinder is available as a web service at the Center for Genomic Epidemiology https://cge.cbs.dtu.dk/services/MetaPhinder/, while the source code can be downloaded from https://bitbucket.org/genomicepidemiology/metaphinder or https://github.com/vanessajurtz/MetaPhinder.
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