AdmixSim 2: a forward-time simulator for modeling complex population admixture.
AdmixSim 2: a forward-time simulator for modeling complex population admixture.
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AdmixSim 2：用于对复杂群体混合进行建模的正向时间模拟器
DOI：
10.1186/s12859-021-04415-x
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发表时间：
2021-10-18
影响因子：
3
通讯作者：
Xu S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang R;Liu C;Yuan K;Ni X;Pan Y;Xu S
背景计算机模拟在群体遗传学和进化研究中有着广泛的应用。在过去的二十年里，人们在开发仿真工具方面做了大量的努力。然而，没有太多的模拟工具，适合研究人口abbreviation.ResultsWe在这里开发了一个向前的时间模拟器，AdmixSim 2，一个基于个人的工具，可以灵活，高效地模拟人口基因组数据下复杂的进化情景。AdmixSim 2基于扩展的Wright-Fisher模型，实现了基因流、自然选择、重组和突变等多种常见的进化参数，允许用户自由设计和模拟任何涉及种群混合的复杂场景，可用于模拟雌雄异株或雌雄同株种群、常染色体或性染色体的数据。据我们所知，目前还没有类似的工具可用于模拟复杂种群混合。AdmixSim 2使用经验或先前模拟的基因组数据作为输入，提供定相单倍型数据，以方便进一步的混合相关分析，如地方祖先推断，关联研究和其他应用。我们在这里评估的性能ofAdmixSim 2的模拟数据和验证功能的基础上，通过模拟数据和经验数据的比较分析，非洲裔美国人，墨西哥人，维吾尔族population.ConclusionsAdmixSim 2是一个灵活的模拟工具，预计将有助于在各种情况下复杂的人口混合的研究。
BackgroundComputer simulations have been widely applied in population genetics and evolutionary studies. A great deal of effort has been made over the past two decades in developing simulation tools. However, there are not many simulation tools suitable for studying population admixture.ResultsWe here developed a forward-time simulator,AdmixSim 2, an individual-based tool that can flexibly and efficiently simulate population genomics data under complex evolutionary scenarios. Unlike its previous version,AdmixSim 2is based on the extended Wright-Fisher model, and it implements many common evolutionary parameters to involve gene flow, natural selection, recombination, and mutation, which allow users to freely design and simulate any complex scenario involving population admixture.AdmixSim 2can be used to simulate data of dioecious or monoecious populations, autosomes, or sex chromosomes. To our best knowledge, there are no similar tools available for the purpose of simulation of complex population admixture. Using empirical or previously simulated genomic data as input,AdmixSim 2provides phased haplotype data for the convenience of further admixture-related analyses such as local ancestry inference, association studies, and other applications. We here evaluate the performance ofAdmixSim 2based on simulated data and validated functions via comparative analysis of simulated data and empirical data of African American, Mexican, and Uyghur populations.ConclusionsAdmixSim 2is a flexible simulation tool expected to facilitate the study of complex population admixture in various situations.
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