Integrated omics analysis of coronary artery calcifications and myocardial infarction: the Framingham Heart Study.
Integrated omics analysis of coronary artery calcifications and myocardial infarction: the Framingham Heart Study.
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DOI：
10.1038/s41598-023-48848-1
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发表时间：
2023-12-07
影响因子：
4.6
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中科院分区：
文献类型：
--
作者：
基因功能可以使用多种方法来描述。我们整合了三种类型组学数据的关联研究，以深入了解亚临床冠心病和心肌梗死 (MI) 的病理生理学。使用多变量回归模型，我们将：(1) 单核苷酸多态性、(2) DNA 甲基化和 (3) 基因表达与冠状动脉钙化 (CAC) 评分和 MI 相关联。在 Framingham 心脏研究的 3106 名参与者中，65 名 (2.1%) 患有普遍性 MI，60 名 (1.9%) 患有偶发性 MI，中位 CAC 值为 67.8 [IQR 10.8, 274.9]，1403 名 (45.2%) 的 CAC 评分 > 0（普遍性 CAC）。流行的 CAC 与 AHRR（与吸烟有关）和 EXOC3（影响血小板功能并促进止血）有关。 CAC 评分与 VWA1（与肌内膜软骨结构相关的细胞外基质蛋白）相关。对于流行的 MI，我们确定了 FYTTD1（在家族性高胆固醇血症中下调）和 PINK1（与心脏组织稳态和缺血再灌注损伤相关）。 MI 事件与 IRX3（增强白色脂肪组织的褐变）和 STXBP3（控制 4 型葡萄糖转运蛋白向血浆的运输）有关。使用综合跨组学方法，我们鉴定了与 CAC 和 MI 相关的假定新颖和已知的候选基因。研究结果的重复是有必要的。
Gene function can be described using various measures. We integrated association studies of three types of omics data to provide insights into the pathophysiology of subclinical coronary disease and myocardial infarction (MI). Using multivariable regression models, we associated: (1) single nucleotide polymorphism, (2) DNA methylation, and (3) gene expression with coronary artery calcification (CAC) scores and MI. Among 3106 participants of the Framingham Heart Study, 65 (2.1%) had prevalent MI and 60 (1.9%) had incident MI, median CAC value was 67.8 [IQR 10.8, 274.9], and 1403 (45.2%) had CAC scores > 0 (prevalent CAC). Prevalent CAC was associated with AHRR (linked to smoking) and EXOC3 (affecting platelet function and promoting hemostasis). CAC score was associated with VWA1 (extracellular matrix protein associated with cartilage structure in endomysium). For prevalent MI we identified FYTTD1 (down-regulated in familial hypercholesterolemia) and PINK1 (linked to cardiac tissue homeostasis and ischemia–reperfusion injury). Incident MI was associated with IRX3 (enhancing browning of white adipose tissue) and STXBP3 (controlling trafficking of glucose transporter type 4 to plasma). Using an integrative trans-omics approach, we identified both putatively novel and known candidate genes associated with CAC and MI. Replication of findings is warranted.
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