The first near-complete assembly of the hexaploid bread wheat genome, Triticum aestivum.
The first near-complete assembly of the hexaploid bread wheat genome, Triticum aestivum.
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DOI：
10.1093/gigascience/gix097
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发表时间：
2017-11-01
期刊：
影响因子：
9.2
通讯作者：
Salzberg SL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zimin AV;Puiu D;Hall R;Kingan S;Clavijo BJ;Salzberg SL
普通面包小麦（Triticum aestivum）拥有科学界已知的最复杂的基因组之一，每条染色体有 6 个拷贝，散布着大量几乎相同的序列，整体单倍体大小超过 150 亿个碱基。过去多次尝试组装基因组所产生的组装体远远低于估计的基因组大小。在这里，我们使用短 Illumina 读长和超长 Pacific Biosciences 读长组合的深度测序覆盖，报告了第一次接近完整的普通小麦组装。最终组装包含 15 344 693 583 个碱基，加权平均 (N50) 重叠群大小为 232 659 个碱基。这代表了迄今为止最完整、最连续的小麦基因组组装，为这种重要粮食作物的未来遗传研究奠定了坚实的基础。我们还报告了如何使用最近发表的节节山羊草（小麦 D 基因组的二倍体祖先）基因组来鉴定与其 D 基因组组件相对应的普通小麦 4 179 762 575 bp。
Common bread wheat, Triticum aestivum, has one of the most complex genomes known to science, with 6 copies of each chromosome, enormous numbers of near-identical sequences scattered throughout, and an overall haploid size of more than 15 billion bases. Multiple past attempts to assemble the genome have produced assemblies that were well short of the estimated genome size. Here we report the first near-complete assembly of T. aestivum, using deep sequencing coverage from a combination of short Illumina reads and very long Pacific Biosciences reads. The final assembly contains 15 344 693 583 bases and has a weighted average (N50) contig size of 232 659 bases. This represents by far the most complete and contiguous assembly of the wheat genome to date, providing a strong foundation for future genetic studies of this important food crop. We also report how we used the recently published genome of Aegilops tauschii, the diploid ancestor of the wheat D genome, to identify 4 179 762 575 bp of T. aestivum that correspond to its D genome components.
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影响因子：
7
作者：
Zimin AV;Puiu D;Luo MC;Zhu T;Koren S;Marçais G;Yorke JA;Dvořák J;Salzberg SL
通讯作者：
Salzberg SL
DOI：
10.1093/bioinformatics/btw663
发表时间：
2017-02-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Mapleson D;Garcia Accinelli G;Kettleborough G;Wright J;Clavijo BJ
通讯作者：
Clavijo BJ
影响因子：
5.8
作者：
Simao, Felipe A.;Waterhouse, Robert M.;Zdobnov, Evgeny M.
通讯作者：
Zdobnov, Evgeny M.
影响因子：
7
作者：
Schatz, Michael C.;Delcher, Arthur L.;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
48
作者：
Chin, Chen-Shan;Peluso, Paul;Schatz, Michael C.
通讯作者：
Schatz, Michael C.