Internal Fragment Ions Disambiguate and Increase Identifications in Top-Down Proteomics.
Internal Fragment Ions Disambiguate and Increase Identifications in Top-Down Proteomics.
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DOI：
10.1021/acs.jproteome.1c00599
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发表时间：
2021-12-03
影响因子：
4.4
通讯作者：
Smith LM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rolfs Z;Smith LM
在自上而下的蛋白质组学中，观察到的碎片离子强度的很大一部分仍然是未知的。这些未知碎片离子的阐明可以使研究人员能够识别其他蛋白质形式，并减少分析中的蛋白质形式模糊性。内部碎片离子作为这些未识别碎片离子的主要来源而受到相当大的关注。内部碎片是不含蛋白质末端的产物离子，与含有单个末端的末端离子相反。存在比末端片段多得多的可能的内部片段，并且所产生的计算复杂性在历史上限制了内部片段离子对仅含有一种或几种感兴趣蛋白质的低复杂性样品的应用。我们在MetaMorpheus中实现了内部碎片离子功能，以允许对内部碎片离子进行蛋白质组范围的注释。MetaMorpheus首先使用末端碎片离子来识别推定的蛋白质形式，然后使用内部碎片离子来消除类似蛋白质形式的歧义。在哺乳动物细胞裂解物的分析中，我们发现MetaMorpheus可以消除其先前模糊的蛋白质型的一半以上，同时还提供了高达7%的增加，在1%的错误发现率确定的蛋白质型谱匹配。
A large fraction of observed fragment ion intensity remains unidentified in top-down proteomics. The elucidation of these unknown fragment ions could enable researchers to identify additional proteoforms and reduce proteoform ambiguity in their analyses. Internal fragment ions have received considerable attention as a major source of these unidentified fragment ions. Internal fragments are product ions that contain neither protein terminus, in contrast to terminal ions that contain a single terminus. There are many more possible internal fragments than terminal fragments and the resulting computational complexity has historically limited the application of internal fragment ions to low complexity samples containing only one or a few proteins of interest. We implemented internal fragment ion functionality in MetaMorpheus to allow proteome-wide annotation of internal fragment ions. MetaMorpheus first uses terminal fragment ions to identify putative proteoforms and then employs internal fragment ions to disambiguate similar proteoforms. In the analysis of mammalian cell lysates, we found that MetaMorpheus could disambiguate over half of its previously ambiguous proteoforms while also providing up to a 7% increase in proteoform-spectrum matches identified at a 1% false-discovery rate.
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一种集成的天然质谱和自上而下的蛋白质组学方法，该方法将序列连接到大分子复合物的结构和功能。
影响因子：
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作者：
Li H;Nguyen HH;Ogorzalek Loo RR;Campuzano IDG;Loo JA
通讯作者：
Loo JA
影响因子：
7.4
作者：
Brodbelt JS
通讯作者：
Brodbelt JS
影响因子：
5.8
作者：
Kou, Qiang;Xun, Likun;Liu, Xiaowen
通讯作者：
Liu, Xiaowen
DOI：
10.1016/j.jpba.2021.113893
发表时间：
2021-01-11
影响因子：
3.4
作者：
Chin, Steven;Chen, Tao;Crittenden, Christopher M.
通讯作者：
Crittenden, Christopher M.
影响因子：
7.4
作者：
Zinnel, Nathanael F.;Pai, Pei-Jing;Russell, David H.
通讯作者：
Russell, David H.