MISA-web: a web server for microsatellite prediction.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx198
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发表时间：
2017-08-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Mascher M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Beier S;Thiel T;Münch T;Scholz U;Mascher M
微卫星是植物遗传学和法医学中广泛使用的标记系统。从重测序数据开发可靠的微卫星标记具有挑战性。我们扩展了 MISA（一种协助微卫星标记开发的计算工具），并将其重新实现为基于网络的应用程序。我们改进了复合微卫星检测，并增加了以 GFF3 格式显示和导出 MISA 结果以供下游分析的可能性。 MISA-web 可以通过 http://misaweb.ipk-gatersleben.de/ 访问。该网站提供教程、使用说明以及源代码的下载链接。
Microsatellites are a widely-used marker system in plant genetics and forensics. The development of reliable microsatellite markers from resequencing data is challenging. We extended MISA, a computational tool assisting the development of microsatellite markers, and reimplemented it as a web-based application. We improved compound microsatellite detection and added the possibility to display and export MISA results in GFF3 format for downstream analysis. MISA-web can be accessed under http://misaweb.ipk-gatersleben.de/. The website provides tutorials, usage note as well as download links to the source code.
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