A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology.
A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology.
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DOI：
10.1038/s41564-020-0770-5
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发表时间：
2020-11
影响因子：
28.3
通讯作者：
Pybus OG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rambaut A;Holmes EC;O'Toole Á;Hill V;McCrone JT;Ruis C;du Plessis L;Pybus OG
与严重肺炎(新冠肺炎)相关的新型人类冠状病毒SARS-COV-2的持续大流行传播导致了成千上万病毒基因组序列的产生。基因组的生成速度是史无前例的，但目前还没有一个连贯的、也没有被接受的方案来命名SARS-CoV-2不断扩大的系统发育多样性。我们提出了一个合理和动态的病毒命名法，它使用一个系统发育框架来识别那些对活跃传播贡献最大的谱系。我们的系统通过限制分层谱系标签的数量和深度，以及通过标记和取消标记变得不可观察并因此可能不活跃的病毒谱系，使我们的系统易于管理。通过专注于活跃的病毒谱系和那些传播到新地点的病毒，这一命名将有助于跟踪和了解SARS-CoV-2全球传播的模式和决定因素。
The ongoing pandemic spread of a novel human coronavirus, SARS-COV-2, associated with severe pneumonia disease (COVID-19), has resulted in the generation of tens of thousands of virus genome sequences. The rate of genome generation is unprecedented, yet there is currently no coherent nor accepted scheme for naming the expanding phylogenetic diversity of SARS-CoV-2. We present a rational and dynamic virus nomenclature that uses a phylogenetic framework to identify those lineages that contribute most to active spread. Our system is made tractable by constraining the number and depth of hierarchical lineage labels and by flagging and de-labelling virus lineages that become unobserved and hence are likely inactive. By focusing on active virus lineages and those spreading to new locations this nomenclature will assist in tracking and understanding the patterns and determinants of the global spread of SARS-CoV-2.
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